Cox回归中的循环

Question

我试图对1000个变量(暴露)进行cox回归，如下所示

varlist <- names(dataset)[275:1275]


sumtables <- lapply(varlist, function(i) {
     
      iformula <- as.formula(sprintf("Surv(time_cox, events) ~ %s + age +age2 ", i))      
      x <- coxph(iformula, data=dataset, na.action=na.omit)

      summary(x)[7][[1]] #####  summary(x)[8][[1]]
     
})

它工作得很好，但我不知道如何提取数据(对于每个变量(β和se))，并在p值上运行benjamini。任何帮助都是非常感谢的！谢谢

Answer 1

这里我假设varlist中的所有变量要么是二进制变量，要么是数字变量。

sumtables <- lapply(varlist, function(i) {

  iformula <- as.formula(sprintf("Surv(time_cox, events) ~ %s + age +age2 ", i))
  x <- coxph(iformula, data=dataset, na.action=na.omit)
  data.frame(pvalue = drop1(x, scope = i, test = "Chisq")[2,4],
             coef = coef(x)[i])
})