R中两端重叠的chordDiagram()

Question

我试图使用R中的chordDiagram()包中的circlize函数在R中生成一个Chord的修改版本。

假设我们有一个玩具示例(关于包的文档)：

require(circlize)
df = expand.grid(letters[1:3], LETTERS[1:4])
df$value = 1
df$value2 = 3 
chordDiagram(df[, 1:3])

输出将非常简单：

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现在，问题是:假设我需要使两个“结束”重叠来表示一个交点，例如，从b->A到从a->A的带状，以便它们在同一个扇区中“合并”彼此(如下图)。

这有可能吗？我没有在文档中找到任何示例，也没有能够执行这个任务--调整选项。

希望我说得很清楚。谢谢你的任何尝试。

Answer 1

如果我正确理解你的问题，这是可能的。这是circlize的一个例子，我无耻地复制了这个例子来演示我的意思。

library(circlize)

routes = data.frame(Origin = c("GMP","CTS", "MEL","HND","BOM","SGN","PEK","TPE",
                               "OKA","SUB","DPS","JED","ITM","PEK","CAN","CUN",
                               "PEK","BNE","CGK","SHA"),
                    Destination = c("CJU","HND","SYD","FUK","DEL","HAN","SHA",    
                                    "HKG","HND","CGK","CGK","RUH","HND","CTU",
                                    "PEK","MEX","SZX","SYD","SIN","CAN"),
                    Passengers = c(14L,10L,9L,9L,7L,7L,7L,6L,6L,6L,6L,6L,
                                   5L,5L,5L,5L,5L,5L,5L,5L)
         )
  
chordDiagram(routes, annotationTrack = c("name", "grid"))

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Answer 2

如果我正确地理解了你，你想在图表中做一些重叠的部分。例如，S3 -> E2和S2 -> E2。创建一个具有格式的矩阵，以便在图表中获得重叠路径。我将用下面的代码给出一个示例：

首先，创建一个具有不同值的S和E之间连接的矩阵：

library(circlize)
set.seed(999)
mat = matrix(sample(18, 18), 3, 6) 
rownames(mat) = paste0("S", 1:3)
colnames(mat) = paste0("E", 1:6)
mat

   E1 E2 E3 E4 E5 E6
S1  4 14 13 17  5  2
S2  7  1  6  8 12 15
S3  9 10  3 16 11 18

接下来，创建一个dataframe，它具有从字符到具有值的另一个字符的列格式，以检查哪些模式更容易实现：

df = data.frame(from = rep(rownames(mat), times = ncol(mat)),
                to = rep(colnames(mat), each = nrow(mat)),
                value = as.vector(mat),
                stringsAsFactors = FALSE)

   from to value
1    S1 E1     4
2    S2 E1     7
3    S3 E1     9
4    S1 E2    14
5    S2 E2     1
6    S3 E2    10
7    S1 E3    13
8    S2 E3     6
9    S3 E3     3
10   S1 E4    17
11   S2 E4     8
12   S3 E4    16
13   S1 E5     5
14   S2 E5    12
15   S3 E5    11
16   S1 E6     2
17   S2 E6    15
18   S3 E6    18

使用mat绘制输出

chordDiagram(mat)

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如您所见，S3 -> E2和S2 -> E2的路径有一些重叠。