运行dgllife pubchem_aromaticity示例报告错误

Question

我下载了dgllife并运行了pubchem_aromaticity示例。(https://github.com/chaoyue729/dgl-lifesci/tree/master/examples/property_prediction/pubchem_aromaticity)。但总是报告错误。当我更改args‘设备’=“cpu”时，它可以运行。但太慢了。我要在库达身上查一下。我怎么才能修好它？

def main(args):
    args['device'] = torch.device("cuda:0") if torch.cuda.is_available() else torch.device("cpu")
    #args['device'] = torch.device("cpu")
    ......

dgl._ffi.base.DGLError:无法将设备cuda:0上的节点特性"hv“分配给设备cpu上的图形。调用DGLGraph.to()将图形复制到同一设备。

我想错误的原因是第46行的main.py的bg，它的类型是"dgl.heterograph.DGLHeteroGraph"，不能复制到CUDA。参考文献(https://docs.dgl.ai/guide_cn/graph-gpu.html?highlight=dglerror)但我不知道该怎么设置。

Answer 1

我已经解决了这个问题。解决方案是通过"main.py“在函数回归上添加一些代码。

def regress(args, model, bg):
    atom_feats, bond_feats = bg.ndata.pop('hv'), bg.edata.pop('he')
    atom_feats, bond_feats = atom_feats.to(args['device']), bond_feats.to(args['device'])
    bg = bg.to(args['device'])
    return model(bg, atom_feats, bond_feats)