使R中的sjPlot显示和排序估计

Question

我试图在sjPlot中绘制一个交互图，在我的预测变量的两个条件下显示出我的结果的概率百分比。除了show.values =T和sort.est =T参数之外，所有东西都工作得很完美，它们似乎什么也不做。有办法让这件事起作用吗？或者，如果不是，我如何提取用于创建此图的数据sjPlot？寻找某种方法来标记或表格显示的概率值。谢谢!

下面是一些示例数据，以及到目前为止我所掌握的数据：

set.seed(100)
dat <- data.frame(Species = rep(letters[1:10], each = 5),
                  threat_cat = rep(c("recreation", "climate", "pollution", "fire", "invasive_spp"), 10),
                  impact.pres = sample(0:1, size = 50, replace = T),
                  threat.pres = sample(0:1, size = 50, replace = T))

mod <- glm(impact.pres ~ 0 + threat_cat/threat.pres, 
           data = dat, family = "binomial")

library(sjPlot)
library(ggpubr)
plot_model(mod, type = "int", 
           title = "", 
           axis.title = c("Threat category", "Predicted probabilities of threat being observed"), 
           legend.title = "Threat predicted",
           colors = c("#f2bf10",
                      "#4445ad"),
           line.size = 2,
           dot.size = 4,
           sort.est = T,
           show.values = T)+
  coord_flip()+
  theme_pubr(legend = "right", base_size = 30)

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Answer 1

sjPlot生成一个ggplot对象，因此您可以检查美学映射和底层数据。在深入研究之后，您会发现默认的映射对于文本标签的x，y位置已经是正确的，所以您所需要做的就是向图中添加一个geom_text，并且只需要将标签指定为审美映射。您可以从一个名为predicted的列中获取标签，该列存储在ggplot对象中。

其结果是，如果您在您的情节中添加了以下层：

geom_text(aes(label = scales::percent(predicted)), 
          position = position_dodge(width = 1), size = 8)

你会得到

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把标签弄得井井有条更棘手。你必须摆弄阴谋的内部成分才能做到这一点。假设我们将上面的图存储为p，那么我们可以通过以下操作根据预测的百分比进行排序：

p$data <- as.data.frame(p$data)
ord <- p$data$x[p$data$group == 1][order(p$data$predicted[p$data$group == 1])]
p$data$x <-  match(p$data$x, ord)
p$scales$scales[[1]]$labels <- p$scales$scales[[1]]$labels[ord]

p

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