如何防止TraMineR状态分布图删除缺失状态

Question

我正在分析一些序列数据，并希望能够在我的所有序列图中看到缺失的状态。但是，我注意到TraMineR的状态分布图函数seqdplot会自动删除缺失的序列状态。我在下面列举了一个可复制的例子。如您所见，缺少的数据在序列索引图seqIplot的绘图和图例中可见。但是，它会自动从状态分布图seqdplot中删除。

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如何阻止seqdplot删除这些缺失的值？

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创建和格式化数据

# Import required libraries
library(TraMineR)
library(tidyverse)

# Set seed for reproducibility
set.seed(123)

# Read in TraMineR sample data
data(mvad)

# For loop which generates missing data within the sequences
for (col in 17:86) {
  mvad[sample(1:nrow(mvad),(round(nrow(mvad)*0.1))),col] <- NA
}

# Create sequence object
mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86])

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序列索引图(缺失数据可见)

# Create sequence index plot
seqIplot(mvad.seq, sortv = "from.start", with.legend = "right")

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状态分布图(删除丢失数据)

# Create state distribution plot
seqdplot(mvad.seq, sortv = "from.start", with.legend = "right")

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Answer 1

要显示缺少的值，只需使用参数with.missing=TRUE

seqdplot(mvad.seq, sortv = "from.start", with.legend = "right",
         with.missing=TRUE, border=NA)

默认情况下，seqdef将右缺失设置为空，即假设序列结束于最后一个有效状态。如果还想将(显示)右缺失视为缺少的tockens，请在seqdef命令中设置seqdef(默认情况下是right="DEL" )：

mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86], right=NA)