renv + venv + jupyterlab + IRkernel:它会混合吗？

Question

短版

将renv、venv和jupyterlab与IRkernel一起使用的简单而优雅的方法是什么？特别是，如何从不在根目录的jupyter笔记本中自动激活renv？

长版

我采用的是"polyglot“数据科学风格，这意味着同时使用python和R。现在venv很棒，renv很棒，jupyterlab也很棒，所以我想找出什么是将它们结合在一起的好方法。

我几乎有它，所以可能几个提示就足以完成这个设置。我就在这里。

系统

从一个干净的操作系统开始，并安装系统级的要求:r+ renv和Python + venv。例如，在Ubuntu上，它近似于这样：

# R
sudo apt install r-base
sudo R -e "install.packages('renv')"

# Python
sudo apt install python3.8
sudo apt install python3.8-venv

项目

现在使用两个文件创建一个基本的项目jupyrenv：

jupyrenv/
├── DESCRIPTION
└── requirements.txt

DESCRIPTION包含R依赖项：

Suggests:
    IRkernel,
    fortunes

requirements.txt包含python依赖项：

jupyterlab

创建虚拟环境并安装依赖关系(order，R必须遵循python)：

# Python
python3.8 -m venv venv
source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt

# R
R -e "renv::init(bare=TRUE)"
R -e "renv::install()"
R -e "IRkernel::installspec()"

到目前为止非常整洁！

木星

从命令行启动jupyter并高兴，它起作用了！

jupyter-lab

​

​

有什么不喜欢的？

不幸的是，如果我创建一个文件夹(比如notebooks)并在那里启动一个R笔记本，它就不能工作:(

[I 2022-02-23 19:07:24.628 ServerApp] Creating new directory in 
[I 2022-02-23 19:07:31.159 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks
[I 2022-02-23 19:07:31.416 ServerApp] Kernel started: 0aa2c276-18dc-4511-b308-e78234fa71d4
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘IRkernel’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted

试图修复

renv似乎不是从子文件夹中使用的，所以我们需要提示R进程才能使用它。我尝试添加一个额外的.Rprofile文件-- notebooks子文件夹：

jupyrenv/
├── DESCRIPTION
├── requirements.txt
├── renv
├── venv
├── notebooks
│   ├── .Rprofile
│   └── Untitled.ipynb
├── .Rprofile
└── Untitled.ipynb

内容如下：

.Rprofile

source("../renv/activate.R")

这是可行的，但并不是真的。首先，当尝试在notebooks目录中创建一个R笔记本时，它会创建一个新的renv

[I 2022-02-23 19:22:28.986 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks
[I 2022-02-23 19:22:29.298 ServerApp] Kernel started: b40a88b3-b0bb-4839-af45-85811ec3073c
# Bootstrapping renv 0.15.2 --------------------------------------------------
* Downloading renv 0.15.2 ... OK (downloaded source)
* Installing renv 0.15.2 ... Done!
* Successfully installed and loaded renv 0.15.2.

然后，jupyter的实例可以工作，我可以使用它，但是如果重新启动，它就会停止工作，并返回到丢失的IRkernel错误：

[I 2022-02-23 19:24:58.912 ServerApp] Kernel started: 822d9372-47fd-43f5-8ac7-77895ef124dc
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘IRkernel’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart

我遗漏了什么？

Answer 1

我把这个问题作为问题在renv github中打开，维护人员好心地提供了一个解决办法。notebooks/.Rprofile的内容应如下：

owd <- setwd(".."); source("renv/activate.R"); setwd(owd)

它混合在一起！