python/simpleITK颅骨剥脱术

Question

我试着用simpleITK在蟒蛇身上剥头骨。我使用的StripTsImageFilter函数如下：

#upload data
# Path of nii img
path = r'C:\Users\Kate\Jupyter\DataThesis\PROGRESSION\0003\fet.nii.gz'

# Read the .nii image with SimpleITK:
img = sitk.ReadImage(path)

#read atlas and atlasmap
#Obtained from 3DSlicer documentation: https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Modules/SwissSkullStripper

atlas = sitk.ReadImage(r'C:\Users\Kate\Jupyter\thesis\atlasImage.mha')
atlasMask = sitk.ReadImage(r'C:\Users\Kate\Jupyter\thesis\atlasMask.mha')

#Skull stripping 
#https://www.istb.unibe.ch/e43946/e43949/e158631/e187931/pane187932/e187939/files187941/article_eng.pdf

brainMask = sitk.StripTsImageFilter(img, atlas, atlasMask)

我得到了错误'AttributeError:模块'SimpleITK‘没有属性'StripTsImageFilter'’，我尝试过实现img.StripTsImageFilter，也尝试过使用sitk.SkullStrip.StripTsFilter。

有人知道怎么解决这个问题吗？

Answer 1

StripTsImageFilter是ITK的“远程”模块。因此，它不是由SimpleITK包装的，甚至在ITK中也不是默认构建的。

要在Python中获得对它的访问，您必须使用ITK的Python包装，并且您必须自己构建ITK，因为它不是在PyPi上预构建的ITK中。

Answer 2

正如Dave所指出的，默认情况下，StripTsImageFilter包含在SimpleITK (或“raw”ITK)中。您可以从PyPi安装远程模块，如下所示：

pip install itk-skullstripping

更多信息可在这里获得：https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITKSkullStrip

将itk转换为sitk和back将在这里解释：https://discourse.itk.org/t/in-python-how-to-convert-between-simpleitk-and-itk-images/1922