如何用减法方程在R中生成图

Question

我正在使用RStudio。我使用来自nomogram包的命名图函数rms创建了一个命名图。以下是守则：

library("rms")

n <- 100 
set.seed(17)

dat <- data.frame(BMI = abs(rnorm(n,30,0.5)),
                 Rib = abs(rnorm(n,10,0.1)),
                 LSM = abs(rnorm(n,36,2)))

dat <- upData(dat,
             labels=c(BMI='BMI', LTR = 'LTR', LSM='LSM'),
             units=c(BMI='kgm-2', LSM='mm', LTR='cm'),
             L = .045*(BMI-30) +
               (log(LSM - 10)-5.2),
             y_sample = ifelse(runif(n) < plogis(L), 1, 0))

dst <- datadist(dat)
options(datadist ="dst")

mmwm <- rms::lrm(y_sample ~ as.numeric(1.43*BMI) - LTR*(1.03*LSM) - 33.19,
                data=dat,  x=TRUE, y=TRUE)

mmwmngram <- nomogram(mmwm,  fun=plogis,
                     funlabel="dIMC-N Results")

plot(mmwmngram, xfrac=.45)

预期的结果是绘制出如下所示的图：

​

我得到的错误如下所示：

terms.formula中的错误(公式，数据=数据，特殊值= NULL)：ExtractVars中无效的模型公式

我想了解我需要编写什么样的代码才能使用这个等式(1.43*BMI) - LTR*(1.03*LSM) - 33.19。

Answer 1

您在公式中使用了LTR，但它不是dat的列。因此，函数不能提取该变量。R公式是抽象型的，例如y ~ x + b表示任何线性函数，y ~ x + b - 1是没有偏差的任何线性函数。你能做某事。就像这样：

library("rms")

n <- 100
set.seed(17)

dat <- data.frame(
  BMI = abs(rnorm(n, 30, 0.5)),
  Rib = abs(rnorm(n, 10, 0.1)),
  LSM = abs(rnorm(n, 36, 2))
)

dat <- upData(dat,
  labels = c(BMI = "BMI", LTR = "LTR", LSM = "LSM"),
  units = c(BMI = "kgm-2", LSM = "mm", LTR = "cm"),
  L = .045 * (BMI - 30) +
    (log(LSM - 10) - 5.2),
  y_sample = ifelse(runif(n) < plogis(L), 1, 0)
)

dst <- datadist(dat)
options(datadist = "dst")

dat$BMI <- dat$BMI * 1.43

mmwm <- rms::lrm(y_sample ~ BMI + LSM + 1,
  data = dat, x = TRUE, y = TRUE
)

mmwmngram <- nomogram(mmwm,
  fun = plogis,
  funlabel = "dIMC-N Results"
)

plot(mmwmngram, xfrac = .45)