NGS分析:如何在两个VCF文件中提取不同的变体

Question

我目前正在研究我的论文，我试图分析NGS测序的结果。我不太熟悉生物信息学，在我的项目的这一部分，我尝试比较两个与健康组织和肿瘤组织的结果相对应的vcf文件。我想比较这些vcf文件并删除它们的相似之处。更具体地说，我想从肿瘤组织中删除健康组织的信息。你有什么建议，我应该使用的工具，或任何方式，我可以做我的分析？如果你能帮我，我会非常感激的。提前谢谢你！

Answer 1

我理解你的问题。我建议的第一件事是使用Unix软件(我不知道您正在运行哪个操作系统)称为VCFtools。它使用起来很简单。但是，如果您想使用python进行所有处理，您可以使用用于python的pandas库(它帮助以列格式处理数据)或PyVCF库(这是一个用于VCF文件的解析器)。如果你能提供一些你正在处理的示例数据，我可以帮你更多的忙。