满足条件后不停止循环(bash/linux)

Question

我想运行一个脚本，搜索每个snp (包含在变量$snplist中的snp列表)是否包含在所有*renamed_snp_search.txt队列中(所有队列位于以*renamed_snp_search.txt结尾的单独文件中)。如果snp在所有队列中，那么snp进入一个日志文件，我希望在找到10个snp之后循环终止。我认为，在while循环结束时重新定义$total_snp变量会有帮助，但似乎循环只是继续使用示例数据。

touch snp_search.log
total_snp=$(cat snp_search.log | wc -l)
files=(*renamed_snp_search.txt)
count_files=${#files[@]}
while [ "$total_snp" -lt 10 ] ; do
    for snp in $snplist ; do
    count=$(grep -wl "${snp}" *snp_search.txt | wc -l)
            if ((count == count_files)) ; then
            echo "$snp was found in all $count_files files" >> ${date}_snp_search.log
            total_snp=$(cat snp_search.log | wc -l)
            fi
     done
done

Answer 1

您误解了您所拥有的两个循环的逻辑结构：while [ "$total_snp" -lt 10 ]循环和for snp in $snplist循环。while循环上的条件只在每次通过该循环的开始时进行测试，因此，如果条件在该循环的半路上得到满足，则不会中断该for循环。

本质上，执行过程如下所示：

检查$snplist

• Check中的$total_snp是否小于10，因此运行while循环的内容：

• 运行for循环，搜索$total_snp中的每一项以查看$total_snp是否小于10；如果再次运行while循环的内容，则退出循环。H 216G 217

...so如果在所有文件中都找到了10个或10个以上的snp，那么在运行整个snp列表之前，它不会注意到已经找到足够多的snp。

(另一方面，假设所有文件中只有7个snps。在这种情况下，它会搜索所有的snps，找到这7个匹配，检查它是否找到了10个，因为它没有再次运行for循环，并再次查找和记录相同的7个匹配。在此之后，$total_snp将为14，因此它将最终退出while循环。)

相反，您想要做的是，如果for循环运行时$total_snp达到10，则该循环将脱离该循环。因此，删除while循环，并在for循环中添加一个break条件：

for snp in $snplist ; do
count=$(grep -wl "${snp}" *snp_search.txt | wc -l)
    if ((count == count_files)) ; then
        echo "$snp was found in all $count_files files" >> ${date}_snp_search.log
        total_snp=$(cat snp_search.log | wc -l)
        if [ "$total_snp" -ge 10 ]; then
            break    # Break out of the `for` loop, we found enough
        fi
    fi
done