Conda环境中的意外Python路径

Question

在Conda环境中(这里是base)，我对Python中目录的顺序感到惊讶：

python -c "import sys; print(sys.path)"
['', 
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python37.zip',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/lib-dynload',
'/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages']

如您所见，我的本地非Conda路径：

/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages

出现在Conda的对手面前：

/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages

这意味着，如果安装在miniconda3/lib/python3.7/site-packages中的软件包也在.local/lib/python3.7/site-packages中，它们将被忽略。实际上，在.local/lib/python3.7/site-packages中，我有numpy v1.20，但是在Conda环境中，我需要v1.19，它已经正确安装，但被v1.20所取代。这似乎没有达到使用Conda的目的。

我的配置有什么问题吗?还是我在这里遗漏了什么？

一些信息：

which python
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/python

python -V
Python 3.7.12

which conda
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/conda

conda --version
conda 4.11.0

Answer 1

这是预期的行为(请参阅佩普370)以及Anaconda建议不要安装用户级别的包。的部分原因。

模块负责在sys.path初始化时设置sys.path。site.py在附加前缀站点之前特别地附加了用户站点，这就是导致这种优先级的原因。佩普370的动机是，用户将在系统级别安装Python，但希望在用户级别对安装的包进行优先级排序，因此用户站点应该在前缀站点之前加载。

选项

有几个选项可以避免用户级的站点包被加载。

1:环境变量

环境变量PYTHONNOUSERSITE将切换用户级site-packages的加载。即，

PYTHONNOUSERSITE=1 python -c "import sys; print(sys.path)"

2: Python -s标志

或者，Python二进制文件有一个-s参数，专门禁用用户级别的站点包。

python -s -c "import sys; print(sys.path)"

3:删除(并避免未来)用户级安装。

Conda建议是为了完全避免pip install --user，这将被解释为应该从您的系统中删除~/.local/lib/python*文件夹。

4:自动Conda环境变量

Conda Forge封装

conda-ecosystem-user-package-isolation将在环境激活期间自动设置PYTHONNOUSERSITE=1。

如果您希望所有环境默认具有这样的隔离，那么请考虑将其添加到create_default_packages配置列表中：

conda config --add create_default_packages conda-ecosystem-user-package-isolation

请注意，此包还设置了R_LIBS_USER="-"，将任何R环境与用户级包隔离开来。

替代包

如果您想要一个更细粒度的选项，我还创建了单独的包，这些包只设置PYTHONNOUSERSITE=1和PYTHONPATH=""环境变量，这些变量可以安装在：

## set PYTHONNOUSERSITE=1
conda install merv::envvar-pythonnousersite-true

## clear PYTHONPATH
conda install merv::envvar-pythonpath-null