多本体重用(部分来源于更特定的域)

Question

我需要在计算生物化学和分子动力学方面发展一个本体。为此，我收集了将要使用的术语，并试图通过在本体搜索服务(如EBI-OLS )上搜索这些术语来重用本体。有些术语与导入/重用非常相关，但是本体本身是针对一个更特定的领域的，比如国家癌症研究所 (它有171,081个类)。除此之外，我还可以重用其他10种源本体。其中一些也是巨大的，比如EDAM本体论。

1. 重用似乎有意用于更特定领域(如癌症)的本体可以吗？我们将把本体论用于生命科学领域，而不仅仅是与癌症相关的领域。
2. 在那些适合重用的10个版本的本体中，有什么通用的经验法则吗？(例如，描述本体论的论文应该被引用至少n篇文章，或者它应该与开放生物与生物医学本体(OBO)铸造原理兼容，或者应该得到知名机构的支持，并且仍然被维护)。
3. 如何确定一个本体源数量上的热点？虽然我们可以重用尽可能多的可用术语(来自许多本体源，特别是生命科学领域)，但人们担心它会使生成的知识图表示更加复杂。

谢谢你的回答。

Answer 1

对你的问题的回答：

1. 我会说是的，假设您打算使用的条款确实与您的用例匹配。也就是说，如果有一个术语你有兴趣使用，但说它的定义或同义词不符合你的需要，那么我可能会考虑不使用这个词。
2. 是的，有。我真的推荐阅读报纸生物本体选择的十个简单规则和OBO教程。
3. 尽量保持您想要使用的本体数量尽可能少(这是与您的用例需要很好地一致的最小的本体集)。这样做的原因是，您将希望与您所使用的本体的设计者接触，以便为您的用例扩展和修改这些本体。您使用的本体越多，您就有可能需要与更大的社区进行沟通，以影响用例的更改。这可能会增加开发时间。然而，使用与用例不太一致的本体也会增加沟通和时间表。因此，将本体论数量保持在合理范围内的原因是合理的。

至于您对将大型本体导入本体的关注，处理方法是只使用机器人提取您感兴趣的术语，然后将提取的本体导入到您自己的本体中。

总的来说，我真的强烈建议接触OBO铸造公司。多年来，他们发展了生命科学相关的本体论。使用它们时，您可能会避免人们在开始设计本体时遇到的许多典型问题。

我也写了一些一般性的指导方针，从我的角度，wrt选择生物本体论这里。