显示平均值的正负标准误差。

Question

我试图用我的数据来表示一个点图，包括所有的点和平均值(SEM)的平均+/-标准误差。我建立了一个新的数据框架，称为“描述性”，它的值为平均值和扫描电镜，我设法将点和平均值表示出来，而不是用误差条表示SEM。有人能帮我为剧本提供一些建议或建议吗？我给你一个虹膜数据的例子。

library(ggplot2)
library(dplyr)
iris<- iris
SEM <- function(x){sd(x)/sqrt(length(x))}
iris %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(MEAN=mean(Sepal.Length), SEM=SEM(Sepal.Length)) ->   
  Descriptive
print(Descriptive)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
  geom_point()+
  stat_summary(fun=mean, shape=95, size=8, color=2)

Answer 1

stat_summary函数可以处理所有这一切。fun参数设置中间值，但是您可以使用fun.data参数，它需要一个带有ymin、y和ymax值的dataframe --允许它生成错误条：

SEM <- function(x){data.frame(y=mean(x),
                              ymin=mean(x)-sd(x)/sqrt(length(x)),
                              ymax=mean(x)+sd(x)/sqrt(length(x)))}

现在，我们可以在geom='errorbar'中使用它来获得您想要的东西：

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
    geom_point() +
    stat_summary(fun.data=SEM, color = 'red', geom='errorbar', width=0.2)

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另一个问题是你有很多过高的计划。您可能需要使用geom_jitter来代替：

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
    geom_jitter(width=0.05) +
    stat_summary(fun.data=SEM, color = 'red', geom='errorbar', width=0.2)

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根据您想要的内容，您可以使用不同的geom。

上面使用的"errorbar"给出了漂亮的条，但是没有自己标记的平均值(您需要像以前那样单独添加平均值：

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
    geom_jitter()+
    stat_summary(fun=mean, shape=95, size=6, color=2) +
    stat_summary(fun.data=SEM, color = 'red', geom='errorbar', width=0.2)

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'pointrange'给出了一个点表示范围的平均值+线。如果增加size以使行更厚，则需要减少fatten参数，这会使点大于行。

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
    geom_jitter(width=0.05) +
    stat_summary(fun.data=SEM, color = 'red', geom='pointrange', size= 1, fatten=1)

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'crossbar'给出了一个带有均数和误差条的框：

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
    geom_jitter(width=0.05) +
    stat_summary(fun.data=SEM, color = 'red', geom='crossbar', width=0.2)

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Answer 2

这里有个办法。使用data参数向geom_errorbar传递数据集Descriptive。但这意味着您必须更改其他层中其余的data参数值。

ggplot() +
  geom_point(
    data = iris, 
    mapping = aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
  stat_summary(
    data = iris,
    mapping = aes(x=Species, y=Sepal.Length),
    fun=mean, shape=95, size=8, color=2) +
  geom_errorbar(
    data = Descriptive,
    mapping = aes(x = Species, ymin = MEAN - SEM, ymax = MEAN + SEM), 
    width = 0.2
  )

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