寻找一种简单的方法在R中对分离良好的2D数据进行聚类

Question

我有关于x和y位置的二维数据，最多可以容纳上百万个细胞。我想把这些单元格自动注释到不同的位置。在下面的例子中，我希望找到4个与4个椭圆对应的簇。到目前为止，我尝试了kmeans和GMM，但未能正确地将细胞注入到预期的集群中。HDBSCAN能够在单元格的子集上这样做，但受到整个数据集上RAM的限制。还有其他的R工具适合这个用例吗？谢谢

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Answer 1

查找R.的stream包，它的目的是对一个数据流而不是固定的数据集进行分析，因此它可以处理有限的内存资源。在stream中，如果不知道集群的数量，可以使用桦木算法。但也有其他集群算法的流版本可用。