使用read.table()

Question

我试图用read.table()在for循环中打开一个文件。当我在read.table()中传递路径变量文件时，路径会发生变化:目录变量被省略。我寻找类似的问题，但找不到相关的案例。

守则：

directories <- list.dirs('directory_path', recursive = T)
for (directory in 1:length(directories)){
  list <- list("File_0", "File_1")
  for(file in 1:length(list)){
    directory = directories[directory]
    file = paste(directory, list[file], sep = '/')
    read.table(file, colClasses = c(rep("character", 2), rep("NULL", 1)),
               header = T)
    output_path <- paste(directory, file, sep = '/')
    write.table(data, output_path, sep = '\t', quote = FALSE)
  }
}

如果删除read.table()命令，而键入print(file)，则所有路径都将正确打印。

我希望打开的文件内容：

name    column_1    column_2
BME_RS00005 878 878
BME_RS00010 257 257
BME_RS00020 2511    2511
BME_RS00025 2611    2611
BME_RS00030 3886    3886
BME_RS17490 1494    1494
BME_RS00035 5922    5922
BME_RS00040 265 265
BME_RS00045 220 220

我该换什么？

Answer 1

我从您的代码中推断您的目录结构如下所示：

├── directory_1
│   ├── File_0
│   └── File_1
├── directory_2
│   ├── File_0
│   └── File_1
├── directory_3
│   ├── File_0
│   └── File_1

最好的方法是在迭代之前将所有文件放在一个向量中：

directories <- list.dirs(directory_path, recursive = T)
files  <- c("File_0", "File_1")

full_paths  <- as.character(
    sapply(files, function(x) paste0(directories, "/", x))
)
full_paths

# [1] "directory_1/File_0" "directory_2/File_0" "directory_3/File_0" "directory_1/File_1"
# [5] "directory_2/File_1" "directory_3/File_1"

现在，您有了一个文件向量，您可以直接读取它们。

您可能可以使用lapply完成下一步操作，但我不知道您在循环中做了什么。现在您已经更新了这个问题，您想要删除一个列，只需这样做：

for(infile in full_paths){
    df  <- read.table(
        infile,
        colClasses = c(rep("character", 2), rep("NULL", 1)),
        header = T
    )
    # ... do stuff here
    df[["column_2"]]  <- NULL
    outfile = paste0(infile, "_new")
    write.table(df, outfile, sep = '\t', quote = FALSE)
}