如何用ggplot2绘制条形图中的基因表达数据？

Question

我有一个包含基因表达水平信息的数据。

列名是基因名，行名是病人ID。

如何制作条形图，其中X轴是基因名称，Y轴是表达水平？

如果不将A基因和B基因合并到同一列并在单独的列中键入基因A和B，我就无法找到在ggplot2中标记A基因和B基因的方法。

在不改变数据结构的情况下，必须有一种简单的方法来做到这一点，但我找不到。

#Example Data
df <- data.frame(1:5,3:7)
colnames(df) <- c("Gene_A","Gene_B")
row.names(df) <- c("Pat_A","Pat_B","Pat_C","Pat_D","Pat_E")

我尝试使用一种离散的、连续的方法，就像ggplot2备忘单所建议的那样。

f <- ggplot(mpg, aes(class, hwy)) + geom_...()

在上面的代码类中是基因名称，但是我不能确定我应该使用什么来处理hwy。

这是我想要得到的一个例子图

Answer 1

您可以使用tidyverse进行类似的操作，您可以将所有信息导入ggplot，这样就不会更改原始数据。首先，我对数据进行总结，然后将汇总数据导入ggplot，绘制两个条形图和错误图。

library(tidyverse)

df %>% 
  pivot_longer(everything()) %>% 
  group_by(name) %>% 
  summarise(mean = mean(value),
            sd = sd(value)) %>% 
  ggplot(., aes(name, mean)) + 
  geom_col(fill=c("black", "grey"), colour="black") +  
  geom_errorbar(aes(ymin = mean - sd, ymax = mean + sd), width=0.2) +
  xlab("Gene") +
  ylab("Expression Level") +
  theme_classic()

输出

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或者，如果您根本不想支点，那么您可以手动构建每个条。

ggplot(df) + 
  geom_bar(aes(x = "Gene_A", y = Gene_A, colour = "Gene_A"), stat = "summary", fun = "mean", fill=c("black"), colour="black") + 
  geom_bar(aes(x = "Gene_B", y = Gene_B, colour = "Gene_B"), stat = "summary", fun = "mean", fill=c("grey"), colour="black") +
  xlab("Gene") +
  ylab("Expression Level") +
  theme_classic()

输出

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