SBML字形/图形/布局

Question

您知道如何从SBML模型中生成一个可以在SVG中转换或导出的绘图或图形吗？或者直接从用XML编写的SBML模型生成SVG？

我读过文件，但这对我没有任何帮助。

Answer 1

有实现这一目标的方法，但是这些图的有用程度取决于SBML文件的内容。假设SBML文件在SBML布局包中包含布局信息。在这种情况下，可以使用以下工具将其转换为这样的图像：

• EscherConverter
• SBML布局查看器

如果SBML文件不包含布局信息，自动布局工具可以生成这样的图形，例如，

• 细胞角与Cy3SBML应用程序
• 在线系统生物学格式转换器(SBFC)
• CellDesigner
• 另一个选项可以是密涅瓦平台，该平台生成类似于CellDesigner的布局，并提供许多使用SBML的选项，例如通过web服务。

请注意：

1. 系统生物学格式转换器(SBFC)为进一步处理创建GraphViz文件。您可以使用GraphViz编译它们，并根据自动布局获得SVG。
2. CellDesigner直接支持导出SVG。从File > Export Image… >SelectSVG files，然后选择Save。目前，CellDesigner只支持到第2版的SBML，它的布局通常很方便，而且可以很容易地手动调整。然而，可能有必要首先使用SBFC将模型向下转换。还有一些用于CellDesigner的导入器和转换器，它们可以在需要时处理SBML布局包，比如CellDesigner分析器。

Answer 2

我会联系Sauro实验室，他们有许多开发中的工具应该能够做到这一点(包括PDF)。它们还支持SBML布局/呈现扩展。他们还在开发一种从pydot到SBML的转换器。