如何使用使用dplyr和rstatix包从ANOVA中的数据表的列来执行计算？

Question

我有一个数据框架，并在数据之间做了一个方差分析。在ANOVA之后，我想使用其中一个结果列进行计算，并创建一个带有mutate()函数的新列。但是，出现一个错误，指示不能对anova类对象执行此操作：

Error: `x` must be a vector, not a <anova_test/data.frame/rstatix_test> object.

有人能帮我用方差分析结果的F列进行计算(F + 1)吗？

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library(dplyr)
library(rstatix)

Temperature <- factor(c(rep("cold", times = 4),
                        rep("hot", times = 4)),
                      levels = c("cold", "hot"))

Light <- factor(rep(c(rep("blue", times = 2),
                      rep("yellow", times = 2)),
                    times = 2),
                levels = c("blue", "yellow"))

Result <- c(90.40, 85.20, 21.70, 25.30,
            75.12, 77.36, 6.11, 10.8)

Data <- data.frame(Temperature, Light, Result)

NewColumn <- Data %>%
  anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>%
  mutate(New= `F` + 1) #<-------- Not working

Answer 1

正如JKupzig在评论中提到的，这是dplyr中已知的一个问题，如这里所记录的：https://github.com/tidyverse/dplyr/issues/5286。

这个问题是由于anova_test()按照这个顺序创建了一个具有类anova_test、data.frame和rstatix_test的输出数据框架，而如果类向量中的最后一个元素不是data.frame，则dplyr中的mutate()似乎会被挂起。您可以按照以下方式验证anova输出的类：

Data %>% anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>% class()

[1] "anova_test"   "data.frame"   "rstatix_test"

作为解决办法，您可以在as_tibble()之后向dplyr管道中添加anova_test()。这会按照这个顺序将类重置为tbl_df、tbl和data.frame。

Data %>% anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>% as_tibble() %>% class()

[1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"

Data %>%
    anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>% 
    as_tibble() %>%
    mutate(New= `F` + 1)

# A tibble: 3 x 8
  Effect              DFn   DFd        F         p `p<.05`   ges     New
  <chr>             <dbl> <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr>   <dbl>   <dbl>
1 Temperature           1     4   42.2   0.003     "*"     0.914   43.2 
2 Light                 1     4 1041.    0.0000055 "*"     0.996 1042.  
3 Temperature:Light     1     4    0.725 0.442     ""      0.153    1.72

注意，此操作移除类anova_test和rstatix_test。如果这些类在整个过程中都很重要，那么使用与magrittr包不同的magrittr解决方案(magrittr是dplyr的依赖项，因此不需要单独安装)。

Data %>%
    anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>%
    magrittr::set_class(c("anova_test", "rstatix_test", "data.frame")) %>% 
    class()

[1] "anova_test"   "rstatix_test" "data.frame" 

Data %>%
   anova_test(formula = Result ~ Temperature*Light) %>%
   magrittr::set_class(c("anova_test", "rstatix_test", "data.frame")) %>% 
   mutate(New = `F` + 1)

ANOVA Table (type II tests)

             Effect DFn DFd        F        p p<.05   ges      New
1       Temperature   1   4   42.250 3.00e-03     * 0.914   43.250
2             Light   1   4 1041.366 5.50e-06     * 0.996 1042.366
3 Temperature:Light   1   4    0.725 4.42e-01       0.153    1.725