如何从一个图形对象到一个igraph对象？(R)

Question

我想要创建一个交互式的丰富地图。我使用了来自emapplot包的浓缩图函数来完成这个任务。但是这个函数返回一个静态图。我想让它使用(最好是) visNetwork包进行交互。

emapplot函数返回一个ggraph对象。我找不到一个函数来将ggraph对象转换为igraph/visNetwork/tbl_graph对象。然后我考虑了提取节点和边缘信息。

这可以用来创建一个示例ggraph对象。

library(igraph)
library(ggraph)
library(tidyverse)

graph <- graph_from_data_frame(highschool)
graph2 <- ggraph(graph, layout = "kk") + 
    geom_edge_link(aes(colour = factor(year))) + 
    geom_node_point()

attributes(graph2)

输出：

$names
[1] "data"        "layers"      "scales"      "mapping"     "theme"       "coordinates" "facet"       "plot_env"    "labels"     

$class
[1] "ggraph" "gg"     "ggplot"

使用graph2$data可以获得节点位置。

           x          y name .ggraph.orig_index circular .ggraph.index
1  0.7326425  2.3767052    1                  1    FALSE             1
2  0.7041666  2.9986454    2                  2    FALSE             2
3  1.5125110  2.9624914    3                  3    FALSE             3
4 -2.7467842 -1.0804763    4                  4    FALSE             4
5 -2.8196405  0.2369667    5                  5    FALSE             5
6 -2.6184244  2.1968979    6                  6    FALSE             6

现在，我需要知道，现在，获得边缘信息。

我看到像ggraph::get_edges这样的函数使用geom_edge_link来检索边缘信息。不幸的是我没能让这个发挥作用。

有人知道如何从ggraph对象获取边缘信息，还是将其转换为change对象？

编辑

根据camille的要求，这里是一个使用emapplot函数的示例。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("enrichplot")

library(DOSE)
library(ggnewscale)
library(ggraph)
library(igraph)
library(enrichplot)

data(geneList)
de <- names(geneList)[1:100]
x <- enrichDO(de)
x2 <- pairwise_termsim(x)
graph <- emapplot(x2)

Answer 1

找到了！

假设您有一个名为x的ggobject。您可以将节点和边缘信息提取为一个tbl_graph对象(这是一个info对象的包装器)，如下所示：

graph_info <- attributes(x$data)$graph

# If you want to plot it using visNetwork
visNetwork::visIgraph(graph_info)