我在Python中导入一个名为"scanpy“的包时遇到了很多困难--我一直试图在这里学习本教程(https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html),但是Python似乎把"scanpy”看作是包的一个模块,而不是包本身:
import numpy as np
import pandas as pd
import scanpy as scsc.settings.verbosity = 3
sc.logging.print_header()
sc.settings.set_figure_params(dpi=80, facecolor='white')---------------------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-129af3139565> in <module>
----> 1 sc.settings.verbosity = 3
2 sc.logging.print_header()
3 sc.settings.set_figure_params(dpi=80, facecolor='white')
AttributeError: module 'scanpy' has no attribute 'settings'其他人似乎也在安装"scanpy“时遇到了困难,所以我按照kleurless在这个GitHub线程(https://github.com/theislab/scanpy/issues/990)上的安装说明进行了安装。这是这些安装说明的结果。(另外,我还遵循了"scanpy“网站上的安装说明,但这些操作似乎不起作用。)如果这重要的话,我还会在木星笔记本中运行上面的代码行。在加载朱庇特笔记本之前,我忘了加载虚拟环境,所以我在第一行之前加入了"!source scanpy_environment“,但这并没有帮助。如果有人能帮我,我会非常感激的。
发布于 2021-12-24 04:49:51
我刚在我的备份测试ubuntu电脑上安装了这个,它可以工作。

我这样做了:在bash终端上安装了pip install scanpy,然后我编写了这个测试脚本并运行了它:
import scanpy as sc
sc.settings.verbosity = 3
sc.logging.print_header()
sc.settings.set_figure_params(dpi=80, facecolor='white')
print(sc.settings.verbosity)
print("test")如果它能工作,那么它可能是木星笔记本的一个问题。
我还想说,通过使用pip freeze来检查模块,看看是否安装了scanpy。
https://stackoverflow.com/questions/70469363
复制相似问题