为什么我不能打开文件来读或写perl？

Question

我正在使用vs代码学习Perl。我试图打开文件.pep并从中读取，但是每次我得到该路径时都找不到。我将protein.pep和code.pl放在同一个文件夹中。

这是protein.pep文件

MNIDDKLEGLFLKCGGIDEMQSSRTMVVMGGVSGQSTVSGELQD
SVLQDRSMPHQEILAADEVLQESEMRQQDMISHDELMVHEETVKNDEEQMETHERLPQ
GLQYALNVPISVKQEITFTDVSEQLMRDKKQIR

带路径D:\bioinformatics\protein.pep

这是我的code.pl文件

#!/usr/bin/perl -w

$proteinfilename = 'protein.pep';

open(PROTEINFILE, $proteinfilename)or die "Can't open '$seq': $!";

# First line
$protein = <PROTEINFILE>;

# Print the protein onto the screen

print "\nHere is the first line of the protein file:\n\n";
print $protein;

# Second line
$protein = <PROTEINFILE>;

# Print the protein onto the screen

print "\nHere is the second line of the protein file:\n\n";
print $protein;

# Third line
$protein = <PROTEINFILE>;

# Print the protein onto the screen
print "\nHere is the third line of the protein file:\n\n";
print $protein;

它的路径是‪D:\bioinformatics\code.pl

我得到这个输出“系统找不到指定的路径”。

Answer 1

在你的代码中：

$proteinfilename = 'protein.pep';

open(PROTEINFILE, $proteinfilename)or die "Can't open '$seq': $!";

首先，更改错误消息，告诉您open需要哪个文件：

open(PROTEINFILE, $proteinfilename) or die "Can't open '$proteinfilename': $!";

您只为open提供相对路径名。我打赌它适用于完整的路径名：

$proteinfilename = 'D:\\bioinformatics\\protein.pep';

open(PROTEINFILE, $proteinfilename) or die "Can't open '$proteinfilename': $!";

如果你仍然有这个问题，发布程序的实际输出。

你不在你认为你在的地方

我猜问题在于IDE和当前的工作目录。程序不会自动在存储它的目录中工作。您可以使用Perl附带的Cwd模块来查看您的IDE从何处开始：

use Cwd qw(getcwd);
print "I'm in " . getcwd() . "\n";

如果你希望你的程序在一个特定的目录中工作，

chdir $some_directory or die "Could not change to '$some_directory': $!";

您可以选择该目录与程序的目录相同。Perl附带的FindBin模块可以方便地告诉您它在哪里：

use FindBin;
chdir $FindBin::Bin;

更现代一点

Perl有各种更好的做事方法，尽管它支持30年前您可以做的几乎所有事情。表示文件模式的三个参数open比较安全。而且，Perl v5.36是关于在指定use v5.36时禁用用户定义的裸字文件句柄的，因此养成了使用词法文件句柄的习惯。

open my $protein_fh, '<', $proteinfilename or die "Can't open '$proteinfilename': $!";