尝试输入一个RGB fMRI DICOM映像，修改它，并使用pydicom将它保存为一个灰度字典图像。

Question

我试图接受一个RGB fMRI扫描作为输入和输出相同的扫描，但在灰度部分的颜色部分“烧焦”白色本质上。

每当我尝试修改任何数据元素(如光度解释和每个像素的样本)，并使用save_as编写新的dicom文件时，我都无法打开该dicom扫描，而dicom查看器给出的错误是它不是dicom图像。

我的密码在下面。

任何帮助都是感激的。提前谢谢。

import pydicom
from pydicom import dcmread
import numpy as np

#function to turn RGB array to grayscale array
#uses dot product of matrices
def rgb2gray(rgb):
   fil = [0.299, 0.587, 0.144]
   return np.dot(rgb, fil)

ds = pydicom.dcmread("dicom file")

arr = ds.pixel_array
gray_arr = rgb2gray(arr)
#gray_arr = ds.pixel_array[:,:,0]

#Have to change meta tag information when working with dicom images
ds.PhotometricInterpretation = "MONOCRHOME2"
ds.SamplesPerPixel = 1
ds.BitsAllocated = 16
ds.BitsStored = 16
ds.HighBit = 15
del ds.PlanarConfiguration
ds.is_little_endian = True
ds.fix_meta_info()


ds.PixelData = gray_arr.tobytes()
ds.save_as('fMRI.dcm', write_like_original=False)

Answer 1

主要问题是您的数组有错误的类型-它是浮点数而不是字节，所以保存到像素数据的是浮点值的字节表示(每个值是4个字节)。另外，您将BitsAllocated设置为16，这意味着您期望每个像素有2个字节，但在计算中您只有一个字节范围，例如，您只需要每个像素8位。

最后，您在PhotometricInterpretation中有一个错误("MONOCRHOME2“而不是"MONOCHROME2")。下面是一个可能的解决方案，它将浮点数数组转换为字节数组：

from pydicom import dcmread
from pydicom.uid import generate_uid
import numpy as np

def rgb2gray(rgb):
   fil = [0.299, 0.587, 0.144]
   return np.dot(rgb, fil)

ds = pydicom.dcmread("dicom file")

arr = ds.pixel_array
gray_arr = rgb2gray(arr).round().astype(np.uint8)

ds.PhotometricInterpretation = "MONOCHROME2"
ds.SamplesPerPixel = 1
ds.BitsAllocated = 8
ds.BitsStored = 8
ds.HighBit = 7
ds.PixelRepresenation = 0
ds.SOPInstanceUID = uid.generate_uid()
del ds.PlanarConfiguration
ds.is_little_endian = True
ds.fix_meta_info()


ds.PixelData = gray_arr.tobytes()
ds.save_as('fMRI.dcm', write_like_original=False)

几个注意事项：

只有当您有一个未压缩的传输语法时才能工作，否则您还必须调整传输语法

• I added PixelRepresentation以显示这些是无符号值
• I aso添加了一个新的SOPInstanceUID，否则原始图像将被PACS查看器

H 112中的派生图像覆盖以与DICOM保持一致(例如，如果您想将数据发送到PACS)，您可能需要修改更多的标记，比如