如何在循环中不使用do命令两次执行命令

Question

这些是我的档案

KIMS2021-01_R1.fastq.gz  KIMS2021-05_R1.fastq.gz  SRR1734376_1.fastq.gz  SRR6006897_1.fastq.gz  SRR6006901_1.fastq.gz  SRR6006905_1.fastq.gz
KIMS2021-01_R2.fastq.gz  KIMS2021-05_R2.fastq.gz  SRR1734376_2.fastq.gz  SRR6006897_2.fastq.gz  SRR6006901_2.fastq.gz  SRR6006905_2.fastq.gz
KIMS2021-02_R1.fastq.gz  KIMS2021-06_R1.fastq.gz  SRR1734377_1.fastq.gz  SRR6006898_1.fastq.gz  SRR6006902_1.fastq.gz  SRR6006906_1.fastq.gz
KIMS2021-02_R2.fastq.gz  KIMS2021-06_R2.fastq.gz  SRR1734377_2.fastq.gz  SRR6006898_2.fastq.gz  SRR6006902_2.fastq.gz  SRR6006906_2.fastq.gz
KIMS2021-03_R1.fastq.gz  SRR1734374_1.fastq.gz    SRR6006895_1.fastq.gz  SRR6006899_1.fastq.gz  SRR6006903_1.fastq.gz
KIMS2021-03_R2.fastq.gz  SRR1734374_2.fastq.gz    SRR6006895_2.fastq.gz  SRR6006899_2.fastq.gz  SRR6006903_2.fastq.gz
KIMS2021-04_R1.fastq.gz  SRR1734375_1.fastq.gz    SRR6006896_1.fastq.gz  SRR6006900_1.fastq.gz  SRR6006904_1.fastq.gz
KIMS2021-04_R2.fastq.gz  SRR1734375_2.fastq.gz    SRR6006896_2.fastq.gz  SRR6006900_2.fastq.gz  SRR6006904_2.fastq.gz

要为每对得到统一的文件名，我从前面的问题中得到了这个答案，这是

for i in $(echo *.fastq*.gz); do echo ${i%_*}; done | uniq

我想在获得统一文件名后使用的最后一个命令

for i in $(ls *.fastq*.gz); do echo ${i%_*}; done | uniq; do STAR --runMode alignReads --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --runThreadN 30 --genomeDir /run/media/punit/data3/Santosh_star_index --readFilesIn  <(gunzip -c ${i}_R1.fastq.gz ${i}_R2.fastq.gz ) --outFileNamePrefix ${i%};done

现在我知道我不能在一个循环中两次使用do。

如何在不使用do的情况下将统一文件名传递给我的命令

Answer 1

来自我上一个问题，这是

首先，让我们把它修好！不要做：

for i in $(anything); do

只要做：

for i in *.fastq*.gz; do

如何将统一文件名传递给我的命令

最重要的是，Shell与管道|一起工作。一个命令的输出与管道中的另一个命令类似，for循环的输出是uniq的输入。

读取uniq的输出。

for i in *.fastq*.gz; do echo "${i%_*}"; done |
   uniq |
   while IFS= read -r file; do stuff with "$file"; done

使用shellcheck.net检查您的脚本。请参阅https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001

作为一名生物学家，这对我来说是一件痛苦的事，请深入了解脚本的基本细节，我的简单解决方案是，如果我将它们作为两个集合运行的话

好的!我经常在交互式脚本编写时这样做。

tmp=$( for i in *.fastq*.gz; do echo "${i%_*}"; done )
tmp=$( uniq <<<"$tmp" )   # or tmp=$( echo "$tmp" | uniq )
tmp=$( echo "$tmp" | while IFS= read -r file; do stuff with "$file"; done )
echo "$tmp"

请记住，qoutes "！<<<"stuff"的工作方式类似于<file --将"stuff"的内容输入到命令的输入中，与echo "$tmp" |一样。