Plink -反向补码

Question

我是第一次使用Plink，并且正在检查我的数据与一些以前的基因型样本(这些是相同的样本，所以基因型应该匹配)。

我的数据几乎是正确的，就像它正确地调用了homs和hets一样，但是对于一些SNP，我的数据有相反的补充。例如：

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在plink中我需要什么命令，我需要告诉它在需要时调用反向补语吗？

Answer 1

我想我已经找到了问题的根源，如果其他人在同一问题上偶然发现这篇文章。

我用的是Illumina SNP芯片。显然，在基因序列定义的基因型数据后处理上存在一定的差异。这两个链接很好地解释了它：http://gengen.openbioinformatics.org/en/latest/tutorial/coding/ https://academic.oup.com/bioinformatics/article/33/15/2399/3204987