将numpy数组转换为4D nifti文件

Question

我在蟒蛇上做单体素模拟，以产生附加噪声的模拟信号.然后，我希望将生成的numpy数组转换为nifti文件，其形状如下(100,100)。

在不同的噪声和张量旋转条件下，行表示一个模拟信号。当用特定采样方案(100个不同方向)测量时，每一列表示在这些条件下该体素的相应信号强度。

DWIs阵列

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我要用以下格式将这个矩阵保存到一个nifti文件中(10，10，1,100)。

期望形状

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我不知道如何将numpy数组(DWIs.shape = (100,100))正确地分配到我想要的格式(10、10、1、100)：

data[…, ] = ?
 
converted_array = np.array(data, dtype=np.float32)
nifti_file = nib.Nifti1Image(converted_array, affine=np.eye(4))
nib.save(nifti_file, os.path.join(path_to_save, 'snr{}'.format(snr), 'full/dwi_sims_snr{}.nii.gz'.format(snr)))

Answer 1

在NumPy中，您不需要“分配”数据数组。

假设您有一个100x100 converted_array。那是

>>> converted_array.shape
(100,100)
>>> converted_array[0]
[146.4, 72.9, ..., 174.9]

然后，您可以将这个数组作为reshape

>>> nifti_array = converted_array.reshape((10,10,1,100))
>>> nifti_array[0][0][0]
[146.4, 72.9, ..., 174.9]