如何将lmd文件转换为csv？[流式细胞术数据]

Question

lmd文件扩展名常用于产生流式细胞术数据。但是，无论是在R还是Python中，这都不能直接用于处理。是否有办法将其转换为csv或某种著名的格式？

Answer 1

这有点棘手。到目前为止，我还没有遇到任何这样的直接转换函数。也许，fcs是流式细胞术比较常见的一种形式.因此，我们首先需要将lmd转换为fcs，然后再转换为csv格式。

步骤1:使用R从lmd到fcs

# install
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("flowCore")

# convert
library(tools) # for file_path_sans_ext

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = '3.10')

BiocManager::install("flowCore")
library(flowCore)

in.fname <- 'Filename.LMD'
folder <- '/home/User/Desktop/Data/'
x <- read.FCS(paste0(folder, in.fname))
summary(x)
out.fname <- paste0(file_path_sans_ext(in.fname), '.fcs')
write.FCS(x, paste0(folder, out.fname))

注意:用您想要的路径和文件名分别更改用户和文件名，您的fcs文件将分别保存在同一个文件夹中。

来源：https://github.com/eyurtsev/FlowCytometryTools/issues/3

步骤2: fcs到csv

这可以简单地使用read.FCS()函数读取FCS文件，然后使用write.delim()或write.csv()创建.txt或.csv文件。

来源：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/flowCore/inst/doc/HowTo-flowCore.pdf

Answer 2

只使用python：

将FCS文件转换为CSV的代码

import pandas as pd
import fcsparser
path = ('<filename>.fcs')
meta = fcsparser.parse(path,meta_data_only=True)
meta, data = fcsparser.parse(path, meta_data_only=False, reformat_meta=True)
print(data)
df = pd.DataFrame(data)
df.to_csv('<filename>.csv')

将FCS文件转换为CSV的代码

import pandas as pd
import numpy as np
import fcswrite
path = ('<filename>.csv')
data = pd.read_csv(path).to_numpy()
chn_names = <list of channel names>
fcswrite.write_fcs(filename="<filename.fcs",chn_names=chn_names, data=data)

Answer 3

@Sachin没有经过完整的解决方案，所以我提出了一个简单而完整的答案。

在R中，使用flowCore库

library(flowCore)
my_fcs <- read.FCS("test.lmd") 
mat <- exprs(my_fcs) 
write.csv(mat, file = "my_lmd.csv")

需要完成的一些其他信息：

• read.FCS()：这假设要转换的lmd位于您的工作目录中。因此，请确保正确设置了工作目录。
• exprs()：此函数将lmd或fcs文件中的值(实际上来自flowCore创建的flowFrame对象)作为一个矩阵读取。
• 小心lmd格式，因为它包含FCS2.0文件和FCS3.0文件。如果要加载FCS3.0文件，则需要设置my_fcs <- read.FCS("test.lmd, dataset = 2")

A由@Sachin提到的flowCore库可在bioConductor上获得。