R:未能跳过请求失败[500]使用tryCatch()循环中的错误

Question

我看了几个不同的相关问题：

• Use tryCatch skip to next value of loop upon error?
• How to use Trycatch to skip errors in data downloading in R (这个问题可能与我的问题最相似)

我希望遍历数据文件中的坐标，并使用USGS nhdplustools包中的discover_nhdplus_id()函数搜索最近的下坡流，并在矩阵中记录该流的ID号(COMID)。如果遇到错误，我希望循环记录'NA‘，然后转到下一个坐标。

示例dataframe (这里有两对坐标无法返回结果: 0,0和-111.2395，36.5396)：

# Minimal example dataframe

y <- c(38.27691,
       38.440779,
       37.784306,
       0,
       36.5396,
       38.293296,
       36.5375
)
x <- c(-112.64105,
       -111.643221,
       -111.633194,
       0,
       -111.2395,
       -111.550817,
       -111.2371
)

test_df <- data.frame(x, y)

理想情况下，输出应该如下所示：

[1] 1215201
[1] 4900445
[1] 3277825
[1] NA
[1] NA
[1] 944070011
[1] 3528735

但是，当我实现tryCatch()时，当遇到错误时，循环仍然会崩溃。这些往往是“请求失败500”错误。下面是我的tryCatch()尝试：

library(nhdplusTools)

output <- matrix(NA, nrow=nrow(test_df), ncol=1)
colnames(output) <- c("COMID_raindrop")

for (i in 1:nrow(test_df)){
  
  latitude <- test_df$y[i]
  longitude <- test_df$x[i]
  
  start_point <- st_sfc(st_point(c(longitude, latitude)), crs = 4269)
  
  raindrop_trace <- tryCatch(
      {
        discover_nhdplus_id(start_point)
      },
      error = function(e) {
        NA
      }
    )
  
  output[i] <- raindrop_trace
  print(raindrop_trace)
  
}

[1] 1215201
[1] 4900445
[1] 3277825
No data returned for: https://labs.waterdata.usgs.gov/api/nldi/linked-data/comid/position?coords=POINT%280%200%29FALSE
Request failed [500]. Retrying in 1.2 seconds...
Request failed [500]. Retrying in 1 seconds...
Error in: https://labs.waterdata.usgs.gov/api/nldi/linked-data/comid/NULL/
Error in output[i] <- raindrop_trace : replacement has length zero

在查找有关这方面的信息时，我看到了purrr：：可能是推荐的，但当我尝试实现时，返回一个不同的错误：

output <- matrix(NA, nrow=nrow(test_df), ncol=1)
colnames(output) <- c("COMID_raindrop")

for (i in 1:nrow(test_df)){
  
  latitude <- test_df$y[i]
  longitude <- test_df$x[i]
  
  start_point <- st_sfc(st_point(c(longitude, latitude)), crs = 4269)
  
  get_data <- discover_nhdplus_id(start_point)
  raindrop_trace <- purrr::possibly(get_data, otherwise = NA) 
  
  output[i] <- raindrop_trace
  print(raindrop_trace) 
  
}

Error in output[i] <- raindrop_trace : 
  incompatible types (from closure to logical) in subassignment type fix

我认为这个错误可能与赋值'NA‘有关(一个非数字值)，但当赋值otherwise = 0时，我会得到相同的错误。

任何帮助都是非常感谢的。

Answer 1

您需要添加带有返回函数的NA来将其写入输出。

编辑：

您只需扫描messages并使用withCallingHandlers创建一个基于它们的错误。我添加了有问题的坐标(注释)来测试它。

library(nhdplusTools)
library(sf)
    
y <- c(38.27691,
       38.440779,
       37.784306,
       0,
       0,
       38.293296,
       36.5375,
       36.5396)

x <- c(-112.64105,
       -111.643221,
       -111.633194,
       0,
       0,
       -111.550817,
       -111.2371,
       -111.2395)

test_df <- data.frame(x, y)
test_df <- st_as_sf(x = test_df, coords = c("x", "y"), crs = 4269)

output <- matrix(NA, nrow=nrow(test_df), ncol=1)
colnames(output) <- c("COMID_raindrop")

for (i in seq_along(test_df[[1]])){
  start_point <- test_df[i,]
  
  raindrop_trace <- tryCatch(
    {
      withCallingHandlers(discover_nhdplus_id(point = start_point), message = function(c) if (inherits(c, "message")){stop("")})
      discover_nhdplus_id(point = start_point)
    },
    error = function(e) {
      return(NA)
    }
  )
  output[i] <- raindrop_trace
  print(raindrop_trace)
}

[1] 1215201
[1] 4900445
[1] 3277825
[1] NA
[1] NA
[1] 944070011
[1] 3528735
[1] NA