在将bash转换为shell脚本语法错误时，我遇到了一个错误

Question

#!/bin/bash

set -o errexit
set -o nounset

#VAF_and_IGV_TAG

paste <(grep -v "^#" output/"$1"/"$1"_Variant_Filtering/"$1"_GATK_filtered.vcf | cut -f-5) \
      <(grep -v "^#" output/"$1"/"$1"_Variant_Filtering/"$1"_GATK_filtered.vcf | cut -f10-| cut -d ":" -f2,3) |
sed 's/:/\t/g' |
sed '1i chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP'|
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{sub(/,/,"\t",$6);print}' \
  > output/"$1"/"$1"_Variant_Annotation/"$1"_VAF.tsv

如果我没有使用变量在终端中运行这个代码，那么上面的代码最后会出现语法错误，它不会显示语法错误。

sh Test.sh S1 Test.sh: 6: Test.sh:语法错误：“(意外的

paste <(grep -v "^#" output/S1/S1_Variant_Filtering/S1_GATK_filtered.vcf | cut -f-5) \
      <(grep -v "^#" output/S1/S1_Variant_Filtering/S1_GATK_filtered.vcf | cut -f10-| cut -d ":" -f2,3) |
sed 's/:/\t/g' |
sed '1i chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP'|
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{sub(/,/,"\t",$6);print}' \
  > output/S1/S1_Variant_Annotation/S1_VAF.ts

我的vcf文件如下所示：https://drive.google.com/file/d/1HaGx1-3o1VLCrL8fV0swqZTviWpBTGds/view?usp=sharing

Answer 1

sh不支持bash进程替换<()。移植它的最简单的方法是写出两个临时文件，并在完成时通过陷阱删除它们。更好的选择是使用功能足够强大的工具(即sed)来完成所需的筛选和操作：

#!/bin/sh
header="chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP"
field_1_to_5='\(\([^\t]*\t\)\{5\}\)' # \1 to \2
field_6_to_8='\([^\t]*\t\)\{4\}[^:]*:\([^,]*\),\([^:]*\):\([^:]*\).*' # \3 to \6
src="output/${1}/${1}_Variant_Filtering/${1}_GATK_filtered.vcf"
dst="output/${1}/${1}_Variant_Variant_Annotation/${1}_VAF.tsv"
sed -n \
  -e '1i '"$header" \
  -e '/^#/!s/'"${field_1_to_5}${field_6_to_8}"'/\1\4\t\5\t\6/p' \
  "$src" > "$dst"

如果使用awk (或perl、python等)，只需将脚本移植到该语言即可。

顺便说一句，所有这些重复的$1都建议您重新修改您的文件命名标准。

Answer 2

如果要在<(command)下运行此代码，则不能使用sh进程替换。不幸的是，没有一种优雅的方法可以避免临时文件(或者更可怕的文件)，但是您的paste命令--实际上是整个管道--似乎相当容易将其重构为Awk脚本。

#!/bin/sh

set -eu

awk -F '\t' 'BEGIN { OFS=FS;
        print "chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP' }
    !/#/ { p=$0; sub(/^([^\t]*\t){9}/, "", p);
           sub(/^[:]*:/, "", p); sub(/:.*/, "", p);
           sub(/,/, "\t", p);
           s = sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s", $1, $2, $3, $4, $5, p);
           gsub(/:/, "\t", s);
           print s
    }' output/"$1"/"$1"_Variant_Filtering/"$1"_GATK_filtered.vcf \
  > output/"$1"/"$1"_Variant_Annotation/"$1"_VAF.tsv

如果没有对VCF文件的访问，我就无法测试这个文件，但至少它应该为如何继续进行提供一个总体方向。