问当我试图从GSEA数据构建一个Cytoscape丰富地图时，为什么我总是得到索引长度的错误？
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Stack Overflow用户

提问于 2021-12-08 19:46:10

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我刚接触过Cytoscape和GSEA，但正在尝试用我的RNA-seq数据构建一个丰富的地图。我已经上传了.gmt文件和两个.xls文件，一个用于积极充实，一个用于阴性。我也有一个.rnk文件，但这似乎并没有引起问题。

当我选择"Build“时，它会给出”解析一般结果文件的错误:索引1超出了长度1的范围“。这是指我的.xls文件之一吗?如何调整长度/格式以清除此错误？.xls文件只是我从GSEA获得的输出，然后保存为一个.xls的.tvs文件。

谢谢你的帮助。

发布于 2021-12-09 21:24:02

不需要将GSEA生成的tsv文件转换为xls文件。(在GSEA的早期版本中，即使它有一个xls结尾，我相信它们只是txt文件)。

你试过用原始的tsv文件运行丰富地图吗？

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