R-使用sqldf连接数据帧时列过多

Question

我在试着把两个数据帧合并成一个。第一个df是4682列的acutedm11，第二个是4903列的gwlfullflattened22。我不能在这里发布数据，因为它太大了，而且包含敏感信息。我正在尝试基于mrn=mrn_G和date difference <= 30合并这两个dfs

代码：

library(sqldf)
acutedm3 <- sqldf::sqldf("
    select acutedm11.*, gwlfullflattened22.*
    from acutedm11
       left join gwlfullflattened22 on acutedm11.mrn = gwlfullflattened22.mrn_G
        and gwlfullflattened22.EncounterDate_G between acutedm11.Date_m30 and acutedm11.Date_p30") %>%
  select(-Date_m30, -Date_p30)

错误：Error: too many columns on acutedm11

有没有更好的合并/连接数据帧的方法？

Answer 1

1. 最大列数是SQLite (包含在RSQLite包中)中的编译时参数。您可以将限制重新设置为更高的值，并重新构建该包。有关更多信息，请参阅：Maximum number of columns in a table for sqlite

1. 还支持4种不同的后端：SQLite、H2、MySQL和PostgreSQL。试试其他的一个。

例如，使用H2不会给我任何错误。

library(RH2)
library(sqldf)

nr1 <- 100
nc1 <- 4682 
df1 <- as.data.frame(matrix(seq_len(nr1*nc1), nr1))

nr2 <- 100
nc2 <- 4903
df2 <- as.data.frame(matrix(seq_len(nr2*nc2), nr2))

res <- sqldf("select * from df1 a
       left join df2 b on a.V1 = b.V1
        and a.V2 between b.V3 and b.V4")