ggplot2:移除轴标签的第一个单词

Question

当我运行这个脚本时，我得到了以下图：

ggplot(fgseaResTidy %>% filter(padj < 0.05) %>% head(n= 20), aes(reorder(pathway, NES), NES)) +
  geom_col(aes(fill= NES > 5)) +
  coord_flip() +
  labs(x="Pathway", y="Normalized Enrichment Score",
       title="Hallmark pathways NES from GSEA") + 
      theme(axis.text.y.left = element_text(size = 10)) +
      scale_x_discrete(label = function(x) stringr::str_trunc(x, 40, "right"))
  theme_minimal()

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​

我尝试截断scale_x_discrete标签以缩短标签，但我想删除每个标签前面的"REACTOME_“部分。有什么建议吗？

耽误您时间，实在对不起!娜奥米

Answer 1

这不是ggplot (必然)的问题，而是调用ggplot之前的简单数据操作。

首先，试着把你的data.frame操作移到ggplot之外：

fgseaResTidy %>% filter(padj < 0.05) %>% head(n= 20) %>%
ggplot(aes(reorder(pathway, NES), NES)) +
  geom_col(aes(fill= NES > 5)) +
  ...

(它只是提高了可读性)

接下来，在REACTOME_上进行搜索和替换

fgseaResTidy %>% filter(padj < 0.05) %>% head(n= 20) %>%
mutate(pathway = sub("REACTOME_", "", pathway, fixed=TRUE)) %>%
ggplot(aes(reorder(pathway, NES), NES)) +
  geom_col(aes(fill= NES > 5)) +
  ...

根据路径名中REACTOME_是否出现在其他位置，您可能希望在sub中使用正则表达式，即sub("^REACTOME\\_", "", pathway)。

编辑：

严格地说，您也可以删除scale_x_discrete调用中的文本

scale_x_discrete(label = function(x) {
  x %>% sub("REACTOME_", "", .) %>% stringr::str_trunc(40, "right"))
})