如何保存3D vtk文件的切片

Question

早上好，我想用pvpython在VTK文件中做一个3D体积的切片，然后我想保存这个图像(可能用一个以白色为中心的对称调色板)。

具体地说，我想用python制作下面用Paraview拍摄的图像：

​

我是pvpython或python的新手，所以我报告了我的第一个脚本，但它不工作：

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm
from scipy.interpolate import griddata
from paraview import simple as pvs
import numpy as np
import vtk
import matplotlib
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

reader = vtk.vtkDataSetReader()
reader.SetFileName("../deltau-deltau.vtk")
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.Update()

plane = vtk.vtkPlane()
plane.SetOrigin(16, 0, 0)
plane.SetNormal(1, 0, 0)

cutter = vtk.vtkCutter()
cutter.SetCutFunction(plane)
cutter.SetInputConnection(reader.GetOutputPort())
cutter.Update()

data = cutter.GetOutput()

# Coordinates of nodes in the mesh
nodes_vtk_array= reader.GetOutput().GetPoints().GetData()

#Get the coordinates of the nodes and their variables
nodes_nummpy_array = vtk_to_numpy(nodes_vtk_array)
x=nodes_nummpy_array[:,0]
y=nodes_nummpy_array[:,1]
z=nodes_nummpy_array[:,2]

variable_numpy_array = vtk_to_numpy(data)
var = variable_numpy_array

# Figure bounds
npts = 100
xmin, xmax = min(x), max(x)
ymin, ymax = min(y), max(y)
zmin, zmax = min(z), max(z)

# Grid
xi = np.linspace(xmin, xmax, npts)
yi = np.linspace(ymin, ymax, npts)
zi = np.linspace(zmin, zmax, npts)

# The mesh is unstructured, so
var_plot = griddata((z, y), var, (zi[None,:], yi[:,None]), method='cubic') 

plt.plot(zi, yi, var_plot)
#plt.colorbar()
plt.savefig("figure.png")

Answer 1

首先，请注意ParaView脚本和VTK脚本之间的区别。您提供的脚本似乎是纯VTK脚本。ParaView脚本比VTK更高级，也更像python。

如果您可以在ParaView中实现处理，我建议您只使用ParaView脚本工具，而不要使用VTK脚本(例如，不要使用import vtk，不要创建任何vtkXXX()对象)

在ParaView中，您可以像解释here一样跟踪操作以生成python脚本。这对于理解特定操作的python对应物很有用。如果要编写完整分析的脚本，还可以保存python state。

本文档还提供了从GUI和python进行处理和分析的示例。

如果你仍然喜欢VTK脚本，请改写你的帖子，并解释什么是“不工作”。