针织章节书目从.Rnw文件？

Question

您可以使用BibLaTeX和直接的.tex文件创建章节书目，如此MWE所示：

% main.tex
\documentclass{report}
\usepackage{natbib}
\usepackage{chapterbib}

\begin{document}

\include{chap1}
\include{chap2}

\end{document}


% chap1.tex
\chapter{one chapter}

text~\cite{paper1}
text~\cite{paper2}

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{biblio}


% chap2.tex
\chapter{another chapter}

text~\cite{paper2, paper3}

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{biblio}


% biblio.bib
@Article{paper1,
  author =       {John Smith},
  title =        {A title},
  journal =      {A Journal},
  year =         {2010}
}
@Article{paper2,
  author =       {John Doe},
  title =        {A paper},
  journal =      {Another journal},
  year =         {2009}
}
@Article{paper3,
  author =       {Yuppie Networking},
  title =        {My paper},
  journal =      {The best journal},
  year =         {2000}
}

可以使用以下脚本成功编译上述文件：

% compile.bash
#!/bin/bash
pdflatex main.tex
for auxfile in chap*.aux
do
    bibtex `basename $auxfile .aux`
done
pdflatex main.tex
pdflatex main.tex

我希望使用create、BibLaTeX和.Rnw文件(不是.tex文件)重新创建上述功能。这里有一个小的不起作用的例子。(我知道本例缺少R代码块，但我的用例将包含R代码块。)

% main.Rnw
\documentclass{report}
\usepackage{natbib}
\usepackage{chapterbib}

\begin{document}

\Sexpr{knitr::knit_child("chap1.Rnw")}
\Sexpr{knitr::knit_child("chap2.Rnw")}

\end{document}


% chap1.Rnw
\chapter{one chapter}

text~\cite{paper1}
text~\cite{paper2}

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{biblio}


% chap2.Rnw
\chapter{another chapter}

text~\cite{paper2, paper3}

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{biblio}


% knit_script.R
knitr::knit(input = "main.Rnw")


% compileRnw.bash
/usr/local/bin/Rscript knit_script.R

pdflatex main.tex
for auxfile in chap*.aux
do
    bibtex `basename $auxfile .aux`
done
pdflatex main.tex
pdflatex main.tex

当我运行compileRnw.bash脚本时，生成的文档缺少书目。

从.Rnw文件创建包含章节目录的文档时，main.Rnw和compileRnw.bash应该是什么样子的？

提前感谢您的帮助！

Answer 1

\Sexpr{knitr::knit_child("chap1.Rnw")}将编织chap1.Rnw并返回chap1.tex而不是\include{chap1}的文本内容。这就是使用.Rnw (您的非工作示例)和普通.tex (您的第一个工作示例)之间的区别，这意味着不会有chap1.aux，因为只有一个.tex输出文件，即main.tex。您也将只获得一个.aux文件，即main.aux。然后，您需要在main.aux而不是chap*.aux上运行bibtex。您的shell脚本应为：

pdflatex main.tex
bibtex main.aux
pdflatex main.tex
pdflatex main.tex

实际上，您并不真正需要这个shell脚本，因为knitr::knit2pdf('main.Rnw')会自动执行所有这些步骤。或者，如果您使用RStudio，则可以单击RStudio工具栏上的"Compile PDF“按钮。

顺便说一句，我不知道你为什么要声明

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{biblio}

在每一章中。这似乎是不必要的。您只需在main.Rnw中声明一次bib样式和数据库。如果你在每一章中重复它们，bibtex会抱怨，尽管这并不是真的很糟糕。

Answer 2

感谢您的回复！

我要澄清一点。

• 在示例中，我使用

\bibliographystyle{plainnat}
\bibliography{biblio}

在每个章节文件中，因为我想在每个章节的末尾有一个参考书目。具体地说，我想要两本书目，一本在第一章(只包含第一章的参考文献)之后，另一本在第二章(只包含第二章的参考文献)之后。

• 感谢艺惠的回答，我发现以下更改产生了我想要的输出。

在main.Rnw中

\documentclass{report}
\usepackage{natbib}
\usepackage{chapterbib}

\begin{document}

% \Sexpr{knitr::knit_child("chap1.Rnw")}
% \Sexpr{knitr::knit_child("chap2.Rnw")}

\include{chap1}
\include{chap2}

\end{document}

在knit_script.R中

# knit_script.R

# knitr::knit(input = "main.Rnw")

knitr::knit(input = "chap1.Rnw")
knitr::knit(input = "chap2.Rnw")
knitr::knit(input = "main.Rnw")

通过这些更改，我获得了每个章节的参考书目。