如何在Python中将DNA序列列表转录为RNA

Question

我正在尝试返回从DNA序列转录而来的RNA序列列表。理想情况下，它应该如下所示：

DNA_seq = ['AGGTC','TTGACT','ATGGCA']
RNA_seq = ['UCCAG','AACUGA','UACCGU']

根据我的理解，字典应该帮助存储每个核苷酸及其相应碱基对的键值对。这是我到目前为止所知道的：

def RNA(DNA_strand):
    mapping = {'G':'C', 'C':'G', 'T':'A', 'A':'U'}
    rna_strand = ''
    for char in DNA_strand:
        rna_strand += mapping[char]
    return rna_strand
RNA_seq = []
for x in DNA_seq:
    RNA_seq.append(RNA(x))

我把这些拼凑在一起，但我似乎仍然不够有效。任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

您可以利用str.maketrans创建映射，然后使用str.translate执行替换：

mapping = str.maketrans("GCTA", "CGAU")

for dna in "AGGTC", "TTGACT", "ATGGCA":
    print(dna.translate(mapping))

输出：

UCCAG
AACUGA
UACCGU
>>> 

str.maketrans返回序号键值对的字典。

Answer 2

在这里，映射绝对是正确的方法。但是，您可以在一行中完成所有这些任务，而无需执行所有循环：

RNA_seq = ["".join([mapping[char] for char in DNA_strand]) for DNA_strand in DNA_seq]

此外，这将大大提高效率，因为：

对于每个character;

• list，它不执行连接，在这种情况下，它比相应的
• 循环更快，因为它避免了多个str调用的开销。