为ncks创建循环，使用Python从Hycom提取NetCDF数据

Question

我已经写了一个ncks代码来从Hycom数据库中提取数据，但是，由于服务器问题，我一次只能下载一个timestep。我需要一个循环，它允许我下载一个月的时间段的单一时间步数据。

ncks -d time,2015-12-01T00:00:00Z -d depth,0.00,1000.00,1 -v water_temp,salinity,water_u,water_v,surf_el -d lon,161.45,171.28 -d lat,-4.75,3.43 'http://tds.hycom.org/thredds/dodsC/GLBv0.08/expt_53.X/data/2015' test.nc

我想下载的4D变量: water_temp，salinity，water_u，water_v (它们的维度是时间，纬度，经度，深度)

我想下载的3D变量: surf_el (维度是时间、纬度和经度)

对于4D变量，我希望深度在0到1000m之间。这个代码是针对单个时间的，我想涵盖2015/12/01和2015/12/31之间的时间。整个2015年的12月。

下面是一些Python工作代码：

import netCDF4
from netCDF4 import Dataset
dec = Dataset('http://tds.hycom.org/thredds/dodsC/GLBv0.08/expt_53.X/data/2015')
print(dec.variables.keys())  #odict_keys(['depth', 'lat', 'lon', 'time', 'tau', 'water_u', 'water_u_bottom', 'water_v', 'water_v_bottom', 'water_temp', 'water_temp_bottom', 'salinity', 'salinity_bottom', 'surf_el'])

long = dec.variables['lon']
lati = dec.variables['lat']
time = dec.variables['time']

for d in dec.dimensions.items():
    print(d)

#('depth', <class 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'depth', size = 40)
#('lat', <class 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lat', size = 3251)
#('lon', <class 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'lon', size = 4500)
#('time', <class 'netCDF4._netCDF4.Dimension'>: name = 'time', size = 2861)

Answer 1

NCO手册提供了在时间维度here上进行循环的示例

for idx in {1..12}; do # Bash Shell (version 3.0+) 
  idx=`printf "%02d" ${idx}` # Zero-pad to preserve order
  ncks -F -d time,${idx},,12 t_anm_8501_8912.nc foo.${idx}
  ncra foo.${idx} t_anm_8589_${idx}.nc
done

如果您将date中的两位数月份替换为上面的${idx}变量，那么类似的操作应该适用于您。