使用open函数将1添加到文本文件中的列

Question

我有一个文本文件，我正在尝试通过将1添加到它来调整第二列。我试着调整我们在课堂上练习的代码，但进展不是很好。这就是我当前代码的样子。如果可能，我想使用open函数。

use strict; use warnings;
open(my $in, '<first5.txt') or die ("Cannot execute");
open(my $out, '>first5.txt') or die ("Cannot execute");
while(<$in>){
    chomp ($in);
    my@input = split("\t", $in);
    print("New chromosome position:",$input[1]+1, "\n");
}
close $in;
close $out;

This is the original first5.txt
chr10   50005   50005   CHH:0   0   +
chr10   50006   50006   CHH:0   0   +
chr10   50013   50013   CHH:0   0   +
chr10   50014   50014   CHH:0   0   +
chr10   50021   50021   CHH:0   0   +

This is my desired outcome
chr10   50006   50005   CHH:0   0   +
chr10   50007   50006   CHH:0   0   +
chr10   50014   50013   CHH:0   0   +
chr10   50015   50014   CHH:0   0   +
chr10   50022   50021   CHH:0   0   +

任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

while(<$in>)在$_中读入一行-所以chomp; my @input = split/\t/;是你应该做的。但是，您不应该同时为输入和输出打开相同的文件。这将截断文件(在Posix上)或失败(在Windows上)。

以下是建议的调整：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $inputfile = 'first5.txt';
my $outputfile = 'first5.TMP';            # write to a temporary file

open(my $in, '<', $inputfile) or die ("Cannot open $inputfile: $!");
open(my $out, '>', $outputfile) or die ("Cannot open $outputfile: $!");

while(<$in>) {                            # read a line into $_
    chomp;                                # chomp $_
    my @input = split/\t/;                # split $_ on \t
    ++$input[1];                          # add 1 to col 1
    print $out join("\t", @input) . "\n"; # print result to outputfile
}

close $in;
close $out;

rename $outputfile, $inputfile;           # move the temporary into place

Answer 2

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open my $in, '<', 'first5.txt' or die $!;
open my $out, '>', 'first5.new' or die $!;
while (<$in>) {
    chomp;
    my @columns = split /\t/;
    ++$columns[1];
    print {$out} join "\t", @columns;
    print {$out} "\n";
}
close $out;
rename 'first5.new', 'first5.txt' or die $!;

我所做的更改：

• 使用open的3参数版本。使用变量名更安全。
• 包含打开失败的原因($!)在错误消息中。
• 不要为输入和输出打开相同的文件。
• 不要占用句柄。
• 使用更好的变量名。
• 您可以使用++递增split的第一个参数是正则表达式。<代码>H216<代码>F217

Answer 3

其他人已经指出了同时读取和写入同一文件的问题。

我只想指出，您当前的代码实际上从未写入输出文件。其中，您拥有：

print("New chromosome position:",$input[1]+1, "\n");

你可能想要：

print $out "New chromosome position:",$input[1]+1, "\n";