如何从文件导入保存的mice/mids对象

Question

我正在寻找一种将mice对象导出到文件的方法，这样我就可以在将来加载它以进行进一步的分析。我发现了一些关于使用miceadds::write.mice.imputation将数据保存到本地文件的信息。我也在Exporting multiple imputed objects with MICE中找到了一个类似的帖子，但该帖子中公认的答案并没有真正解决问题，write.mice.imputation可以将输入的数据、变量列表等保存到文件中，但它不会保存信息来重建mice对象。

library(mice)
library(miceadds)

imp <- mice::parlmice(data=nhanes, n.core = 4, n.imp.core = 1, m=3, maxit = 50, print=T)
write.mice.imputation(mi.res=imp, name="mice_imp1")

我看到在本地创建了mice_imp1文件夹，一些数据也保存在那里。但是，使用以下代码加载数据不会重新生成mice对象

library(mice)
library(miceadds)

oldData <- read.table("mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA1.dat")
stripplot(oldData, pch=20, cex=2) # this line gives error

最后一行不能编译，因为oldData只是数据而不是mice对象。

Answer 1

一方面，write.mice.imputation将多个推定的数据集中的每一个都存储在.dat文件中，另一方面，它将"mids"对象存储为.Rdata文件。当你想要后者时，你需要加载前者。

library(mice)
library("miceadds")

impdir <- "./mice_imp1"
imp <- mice::parlmice(data=nhanes, n.core=4, n.imp.core=1, m=3, maxit=50, print=T)
write.mice.imputation(mi.res=imp, name=impdir, mids2spss=F)
ls()  ## whats in the wrkspace?
# [1] "imp"    "impdir"
rm(imp)  ## remove the mice data

查看目录中存储了哪些对象，并且我们可能需要mice_imp1.Rdata文件，

file.info(list.files("./mice_imp1", full.names=T))[,1, drop=F]
# mice_imp1/mice_imp1.Rdata                14105
# mice_imp1/mice_imp1__DATALIST.Rdata        734
# mice_imp1/mice_imp1__IMP_LIST.txt          108
# mice_imp1/mice_imp1__IMP_SUMMARY.txt      3875
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA1.dat          365
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA2.dat          363
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA3.dat          363
# mice_imp1/mice_imp1__IMPDATA4.dat          365
# mice_imp1/mice_imp1__IMPMETHOD.csv          37
# mice_imp1/mice_imp1__LEGEND.txt             20
# mice_imp1/mice_imp1__LONG.dat             1878
# mice_imp1/mice_imp1__PREDICTORMATRIX.csv    70
# mice_imp1/mice_imp1__VARNAMES.txt           20

我们可以使用load。

load("mice_imp1/mice_imp1.Rdata")
ls()
# [1] "impdir" "mi.res"

它以类"mids"的"mi.res"的形式出现，

class(mi.res)
# [1] "mids"

并且可以进行绘图。

stripplot(get("mi.res"), pch=20, cex=2)

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