如何解决状态为非数字的addPerCellQC错误？

Question

我的工作是R分析单细胞RNA序列数据。我目前正在尝试将QC数据添加到我的SingleCellExperiment (sce)对象中；mito_genes、ribo_genes和ERCC_genes包含由执行的这些特定基因的行位置

mito_genes <- grep("^mt-", rownames(sce))

ribo_genes <- grep("^Rp[ls]", rownames(sce))

ERCC_genes <- grep("^ERCC-", rownames(sce))

将QC数据添加到colData的代码

sce <- addPerCellQC(sce, subsets=list(Mito = mito_genes, Ribo = ribo_genes, ERCC = ERCC_genes))
colData(sce)

我得到的错误是：Error in base::colSums(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be numeric

在我看来，sce本身可能有问题，因为perCellQCMetrics(sce)返回了同样的错误。我之前生成了sce，并将索引排序数据附加到另一个实验中。然而，我以前没有遇到过这个错误。我试着重新加载所有的东西，等等。

谢谢你的帮助！

Answer 1

错误是在我的索引排序矩阵中留下了一个省略的非数字列，这导致sce对象被标识为非数字。