可视化特定国家的MODIS植被层(使用R-package MODISttsp)

Question

我正在尝试下载和可视化肯尼亚(和其他类似国家)的NDVI数据。

为此，我使用osmdata检索了肯尼亚的边界框，并在从MODIStsp下载NDVI数据时使用了它

library(osmdata)
library(MODIStsp)

kenya_bb <- osmdata::getbb("Kenya")

MODIStsp(gui             = FALSE,
         out_folder      = "Data",
         out_folder_mod  = "Data",
         selprod         = "Vegetation_Indexes_16Days_1Km (M*D13A2)",
         bbox            =  kenya_bb,
         bandsel         = "NDVI",
         user            = "mstp_test" ,
         password        = "MSTP_test_01",
         start_date      = "2020.06.01", 
         end_date        = "2020.06.15", 
         verbose         = FALSE)

然后我简单地将下载的数据可视化，但它似乎还没有显示出肯尼亚

library(raster)
library(here)
library(ggplot2)

NDVI_raster <- raster(here::here("Data/VI_16Days_1Km_v6/NDVI/MOD13A2_NDVI_2020_161.tif"))

NDVI_df <- as.data.frame(NDVI_raster, xy = TRUE, na.rm = TRUE)
rownames(NDVI_df) <- c()

ggplot(data = NDVI_df,
       aes(x=x,y=y)) +
  geom_raster(aes(fill = MOD13A2_NDVI_2020_161))

任何关于如何剔除单一国家的想法都是值得赞赏的。

Answer 1

此行为的原因是，参数spatmeth的默认值为"tiles"，因此使用参数start_x、end_x、start_y和end_y指定的值(如果未显式指定，则使用它们的默认值)。

从函数文档中：

bbox数字(4) out_proj坐标系中的输出边界框(xmin，ymin，xmax，ymax)。如果spatmeth == "tiles"，则忽略，默认值: NULL spatmeth character "tiles“| "bbox”| "file"，指示如何检索处理范围。如果是" tiles "，则使用指定的tiles (start_x....)。如果为" file "，则从spafile中指定的空间文件中检索范围。如果为"bbox"，则使用指定的边界框，默认值：“tiles”bbox

要使用kenya_bb扩展区，必须执行以下操作：

将spatmeth = "tiles";

• correct bbox = kenya_bb添加到bbox = as.vector(kenya_bb)

的

此外，有一个bug影响了这个案例，最近修复了。您还应该从GitHub重新安装该软件包：

remotes::install_github("ropensci/MODIStsp")