包含K簇和RowName注释的热图

Question

我有一个数据框架，看起来像这样，有一个基因名称，一个基因家族和Log2Fold的变化。我可以将折叠变化放在热图中，但希望只用基因家族注释行(在热图的右侧)，同时在整个热图上进行K均值聚类(生成5个聚类)。这在ComplexHeatmap中是可能的吗？我已经附加了我的数据帧：

tf.logs



    Name 0dpi 1dpi 7di 14dpi 22dpi
Gene1 MYB 1 2 3 4 5
Gene2 WRKY 4 3 6 5 11
Gene3 ERF 3 4 5 66 2
Gene4 bZIP 3 4 5 6 6
Gene5 EFR 4 4 4 4 4 

我的热图代码如下：

heat.gen = Heatmap(tf.log, width = unit(4, "cm"), km = 6 
                   cluster_columns = F, 
                   show_row_names = F, 
                   row_gap = unit(1.25, "mm"),
                   row_title_gp = gpar(fontfamily = "sans", fontsize = 8, fontface = "bold"), 
                   name = "Log2FC", 
                   column_title = "Resistant - Susceptible", 
                   column_title_gp = gpar(fontfamily = "sans", fontsize = 16), 
                   col = colorRamp2(c(-4,0,4), colors = c("dodgerblue2", "cornsilk", "firebrick1")))

我还有一个包含基因名称和家族的数据框架：

 Family
Gene1 MYB 
Gene2 WRKY 
Gene3 ERF 
Gene4 bZIP 
Gene5 EFR  

Answer 1

对ComplexHeatmap不太确定，但使用pheatmap包很容易做到。只需将注释dataframe作为annotation_row提供。您可以对行和列进行聚类。

这两个包我都用过，我个人更喜欢pheatmap。