疾病网络

Question

我有一个包含两列的表:一列包含Disease names，另一列包含Genes。我想创建一个只有Disease nodes的图，连接两个节点，如果它们有共同的基因影响它们。

我如何在Cytoscape中做到这一点？

Answer 1

Cytoscape中没有自动执行此转换的按钮(或导入函数)。您需要在网络导入之前执行此转换，以便构建所需的网络模型。或者，您可以在Cytoscape中按照如下算法在多个步骤中执行它：

导入疾病基因删除与给定基因节点相邻的疾病节点集合(例如，选择每个基因，然后选择第一个邻居；或使用每个集合中的所有节点作为一个集团(全部连接到所有)(例如，右键单击Filters)

• Connect set，添加>连接所选节点的边)

(以及随后的所有疾病-基因连接)(例如，选择所有节点；或使用过滤器)

如果您喜欢R或Python，那么您可以在通过脚本执行转换时利用RCy3或py4cytoscape包与Cytoscape进行交互。