从gm.prcomp中提取特征值

Question

我习惯于使用geomorph包中的plottangentspace。此函数已被gm.prcomp替换，但即使我使用函数摘要或summary.gm.prcomp，也无法提取特征值。如果我使用汇总，我有统计汇总(意思是...)，但我不能使用summary.gm.prcomp (R找不到函数)，我该如何提取我的特征值？

谢谢你的帮助!

海洋

Answer 1

函数'gm.prcomp‘报告VCV矩阵的奇异值分解，您可以从那里重建特征值，因为总和奇异值分解等同于数据中的总方差。

假设'ProcFit$coords‘是我们的Procrustes拟合数据，那么

PCA<-gm.prcomp(ProcFit$coords) # calculates the PCA

PCA$d[1]/sum(PCA$d) # provides the Eigenvalue for the first principal component.

您还可以看到与特征值的相似性，如果您

plot(PCA$d)

或者，例如，如果您想要从累积解释至少80%的变化的所有PC构建一个数据帧：

PCframe <- function(PCA, CutOff=80) { # default cutoff of 80%

EigenSum<-k<-0

repeat {

`k<-k+1`

`EigenSum<-EigenSum+PCA$d[k]/sum(PCA$d)`

`if(EigenSum>=CutOff/100) {`

    `break}}`

PCAframe<-data.frame(PCA$x[,1:k])

return(PCAframe)}