如何使用renv显式管理依赖项

Question

我更喜欢有一个配置文件，并在其中列出项目所需的包，而不是依靠renv::init()来抓取项目并找到我需要的所有包(它通常不能)。

所以我的问题是--我如何明确地告诉renv一个项目需要哪些包，举个例子就好了。

Answer 1

renv包做了各种各样花哨的事情:从几个不同的位置安装，设置一个特定于项目的库，这样你就可以控制项目的版本，等等。如果你需要这些东西，我认为你不走运。据我所知，它无法传递依赖项列表，它需要扫描您的源代码才能找到它们。我想你可以包含一个函数，比如

loadPackages <- function() {
  requireNamespace("foo")
  requireNamespace("bar")
   ...
}

为了让renv更容易找到你需要的包，但是如果它在其他方面失败了(例如，你有不完整的文件，不能正确地解析)，这是没有用的。

如果你不需要这些花哨的东西，你可以使用下面的函数：

needsPackages <- function(pkgs, install = TRUE, update = FALSE, 
              load = FALSE, attach = FALSE) {
  missing <- c()
  for (p in pkgs) {
    if (!nchar(system.file(package = p)))
      missing <- c(missing, p)
  }
  if (length(missing)) {
    missing <- unique(missing)
    if (any(install)) {
      toinstall <- intersect(missing, pkgs[install])
      install.packages(toinstall)
      for (p in missing)
        if (!nchar(system.file(package = p)))
          stop("Did not install: ", p)
    } else
      stop("Missing packages: ", paste(missing, collapse = ", "))
  }
  if (any(update))
    update.packages(oldPkgs = pkgs[update], ask = FALSE, checkBuilt = TRUE)
  for (p in pkgs[load])
    loadNamespace(p)
  for (p in pkgs[attach])
    library(p, character.only = TRUE)
}

这是我在一个项目中使用的。你把它叫做

needsPackages(c("foo", "bar"))

它会安装那些缺失的组件。它还可以更新、加载或附加它们。它只是使用标准函数install.packages从CRAN安装，不需要选择安装位置，也不需要维护特定的包版本。如果您确实使用了像这样简单的东西，那么您应该在之后运行sessionInfo()来记录包版本号，以防以后需要返回到相同的状态。(尽管返回到这种状态可能会很痛苦！)

Answer 2

这里有两种可能的方法：

1. 将renv配置为使用“显式”快照，如https://rstudio.github.io/renv/reference/snapshot.html#snapshot-type中所述-此工作流要求您在DESCRIPTION文件中列出软件包要求；

1. 手动使用renv::init(bare = TRUE) + renv::install(<packages>) (或您自己的软件包安装函数)安装项目所需的软件包，从您维护的一些单独的源构建<packages>列表。

如果您有特定的工作流程，您希望renv能够实现，那么您可以考虑在https://github.com/rstudio/renv/issues上提交功能请求。