stan模型中的生成数量块

Question

我正在构建一个标准的线性回归模型，我希望包含generated quantities块，并希望使用dot_self()函数。问题是我拿不到模拟样品。错误是：Stan model 'LinearRegression' does not contain samples.。我认为函数dot_self()没有被识别为一个函数。我在这里展示了stan代码和R代码。提前谢谢。

注意:我确信输入的数据是正确的，因为没有generated quantities块的模型工作得很好。

标准代码：

data {          
  int<lower=1> N;           
  int<lower=1> K;           
  matrix[N, K] X;           
  vector[N] y;              
}
parameters {                
  vector[K] beta;           
  real<lower=0> sigma;      
}
model{                     
  vector[N] mu;             
  mu = X * beta;             

  beta ~ normal(0, 10);
  sigma ~ cauchy(0, 5);                                     
  y ~ normal(mu, sigma);    
}

generated quantities {
  real rss;                
  real totalss;
  real<lower=0, upper=1> R2;                 
  vector[N] mu;
  mu=X * beta;
  rss=dot_self(y-mu);
  totalss=dot_self(y-mean(y));
  R2=1 - rss/totalss;
}

R运行Stan模型的代码：

library(rstan)
library(coda)
library(ggplot2)
rstan_options(auto_write=T)
options(mc.cores=parallel::detectCores())

dat=list(N=N, K=ncol(X), y=y, X=X)
fit3 = stan(file = "C:.... LinearRegression.stan", data = dat, iter = 100,chains = 4)

print(fit3, digits=3, prob=c(.025,.5,.975))

Answer 1

该错误是由于R2上的界限造成的。我认为没有必要对生成的数量施加限制。

这里我使用了模拟的x和y：

X = matrix(runif(N*K), N, K)
y = rowSums(X)

删除边界后的结果为：

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