如何在R中使用Reticulate导入python包

Question

我已经学习python大约一年了。我刚刚下载了R来尝试在Reticulate中使用Python。我的所有python包pip都安装在一个名为base的anaconda基础环境中。除了熊猫，我把所有的东西都弄好了。这是最奇怪的事情。

下面是我的代码：

{r}
library(reticulate)
use_condaenv(“base”)

{python}
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

这很好用，我可以在RStudio中使用这两个包。然而，当我尝试import pandas as pd时，我得到了错误

ImportError: No Module named pandas...

我肯定在这个基础环境中安装了pandas pip和其他两个包。为了确认，我再次对所有3个都运行了一个pip install来进行检查。为什么熊猫不能工作呢？这太让人沮丧了！FWIW: seaborn (和其他软件包)也不能工作，也被安装了。

Answer 1

也许您已经安装了多个版本的Python，如果在运行pip freeze时出现了不同的版本，那么您正在运行的是另一个版本。我建议在您的项目文件夹中安装virtualenv，以避免与其他包冲突。

pip install virtualenv
virtualenv venv
source venv/bin/activate

然后把熊猫装进去。

pip install pandas

您还可以尝试使用pip3安装pandas。

Answer 2

你可以看看这个源码：

希望它能有所帮助：R Interface to Python

导入Python模块

来源： /python.R

导入指定的Python模块，从R调用。

import(module, as = NULL, convert = TRUE, delay_load = FALSE) 
import_main(convert = TRUE)
import_builtins(convert = TRUE)
import_from_path(module, path = ".", convert = TRUE)

参数

模块

模块名称

作为的

模块名称的别名(影响R类的名称)。请注意，这是一个高级参数，通常只应该在包开发中使用(因为它会影响导入类的S3名称，因此会影响S3方法调度)。

转换

如果为TRUE，则自动将Python对象转换为R等效项。如果您传递了FALSE，则可以使用the py_to_r()函数进行手动转换。

delay_load

如果为TRUE，则延迟加载模块，直到首次使用。如果为FALSE，则立即加载模块。如果提供了一个函数，那么它将在模块加载后被调用。如果提供了一个列表containing on_load() and on_error(E)，则如果出现错误，将在成功加载and on_error(E)时调用then on_load()。

路径

要从中导入的路径

值

一个Python模块

详细信息

The import_from_path function从任意文件系统路径导入Python模块(指定的python脚本的目录会自动添加到the sys.path中)。

示例

if (FALSE) 
{ 
    main <- import_main() 
    sys <- import("sys") 
 }

Answer 3

看起来你使用的Mac是基于“框架”的输出。Python 2.7是Mac上的基础版本。最好的方法是安装Anaconda3，这将创建一个独立的新基础环境。

对于网格化，您需要PyQt5来呈现带有R Markdown的Python。因此，请执行以下步骤来设置它：

要将environment

• pip install PyQT5激活到网状环境中，请下载并安装Anaconda

• conda create --name cloned_env --clone original_env

，使其看起来与此conda create --name reticulate --clone base

• conda activate reticulate类似

现在检查您的Python：

which python3

这将为您提供路径中包含Anaconda3的路径。在标准(文档)目录中，创建一个名为.Renviron.txt的文本文件

添加以下代码：

RETICULATE_PYTHON="your path from which python3"

例如，我的是这样的，你的应该是蟒蛇：

RETICULATE_PYTHON="/anaconda3/bin/python" 

它也可能是

RETICULATE_PYTHON="/anaconda3/envs/reticulate"

然后，当您启动RStudio时，您应该拥有了所需的一切。

有很好的文档说明这个命令不起作用：

use_condaenv(“base”)

在R中，检查命令Sys.getenv()，它应该确认您的RETICULATE_PYTHON变量已设置为您在.Renviron文件中指定的路径。

在这个链接上有更多关于这方面的讨论：

Unable to change Python path in reticulate