3D密度图(来自3D散点图)

Question

我希望生成一个3D密度图，不透明地描述一个区域内的密度(例如，高密度的区域显示暗红色，低密度的区域显示透明的浅红色)。类似于此页面上的2D图形的东西；https://www.r-graph-gallery.com/2d-density-chart.html

作为另一层困难，我希望描述密度的颜色根据标签(在本例中为单元格类型)而变化。但我真的很难找到合适的方法来生成3D密度图。有什么建议吗？

我在Wolfram语言中跨越了这一点；https://reference.wolfram.com/language/ref/DensityPlot3D.html，但我希望使用R作为我的方法。

作为一个使用的示例，请参见下面的用plotly制作的示例

set.seed(123)
gene_x <- rnorm(500, mean=280, sd=100)
gene_y <- rnorm(500, mean = 450, sd=150)
gene_z <- rnorm(500, mean = 340, sd=80)
celltype1 <- data.frame(gene_x,gene_y,gene_z)
celltype1['celltype'] = "neuron"
gene_x <- rnorm(400, mean= 60, sd=150)
gene_y <- rnorm(400, mean = 40, sd=100)
gene_z <- rnorm(400, mean = 110, sd=50)
celltype2 <- data.frame(gene_x,gene_y,gene_z)
celltype2['celltype'] = "astrocyte"
df <- rbind(celltype1,celltype2)

library("plotly")
plot_ly(x=df$gene_x, y=df$gene_y, z=df$gene_z, type="scatter3d", mode="markers", color = df$celltype, marker = list(size = 4))

Answer 1

您可以使用rgl软件包来获得3d绘图。在您的dataframe df上执行以下代码：

library(rgl)
mycolor <- c("red", "blue")
open3d()
plot3d(x=df$gene_x, y=df$gene_y, z=df$gene_z, size=4, col=mycolor )

输出如下：

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请根据您的需求查看rgl包以进行进一步增强。