无法启动Cytoscape

Question

今天早上我下载了Cytoscape v3.8.0，但我再也不能成功地打开应用程序了。

在此之前，我使用的是v3.7.4 (我相信？)并且没有遇到任何问题。我在一台装有Windows 10的笔记本电脑上工作。

在意识到我无法打开Cytoscape后，我去了downloaded the most recent version of Java，但这似乎没有帮助。

我也尝试过下载Cytoscape troubleshooter for Windows，但是它只能以.txt文件的形式下载，我不知道如何使用它来测试我的系统。

如果我尝试打开这个应用程序，它很快就会出现在"Cytoscape 3.8.0 - Initializing OSGi container..."上，然后就会崩溃。

任何帮助或见解都将不胜感激！

Answer 1

不幸的是，没有更多的信息就很难诊断出你的问题。当您说您下载了最新的Java时--您实际下载的是哪个版本？如果您打开命令(cmd)窗口并将目录更改为Cytoscape安装，您可以尝试运行cytoscape.bat吗？它的作用是什么?打印了哪些错误消息？如果这不起作用，那么在同一个窗口中，输入"java“，让我们知道哪个-version版本被设置为缺省版本。这将帮助我们弄清楚事情的真相。

Answer 2

如果你使用的是Mac电脑，最近的一个更新导致基于OpenCL的Cytoscape应用程序失败，并阻止了Cytoscape的启动。

这将在未来的更新中修复，但您可以通过以下两种方法之一禁用OpenCL来立即修复您的Mac安装：

• 将disable-opencl.dummy file下载到您的CytoscapeConfiguration目录(在您的用户主目录中)。

• 或，您可以通过在终端中运行以下命令来创建一个空的虚拟文件：

touch ~/CytoscapeConfiguration/disable-opencl.dummy

这些修复在Cytoscape.org上有描述。