Cytoscape不允许我将表上载到网络集合，唯一的选择是未分配表。有人知道如何解决这个问题吗？

Question

下拉选项不可用，因此我的表会自动导入为未分配的表。以前有没有人遇到过这个问题？还是我的餐桌摆放有问题？

cytoscape screenshot

Answer 1

不知道你在期待什么。根据截图，您没有打开任何网络，因此导入的表只能取消分配。另一方面，如果您正在尝试导入网络，则需要使用从文件导入网络，而不是从文件导入表。

--滑板车

Answer 2

我也有同样的问题，最后我花了3-4个小时在这上面。

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工具栏上的此图标允许从表中无任何问题地加载网络。我非常幸运地在YouTube(!)：https://youtu.be/Z8jUmJL2HFw?t=52上的一个视频中找到了这个解决方案，而不是在Cytoscapes文档中。

对我来说，Cytoscape的文件导入系统感觉非常不直观。我不确定为什么cytoscape没有一个统一的导入系统来加载简单(csv/tsv)表。以下是在我的例子中不起作用的几种方法。我使用的是版本3.9.0。在这两种情况下，该表都被导入为“未分配的表”。

1. 拖放‘边缘表’/‘网络表’。
2. 文件>导入>从文件导入

我浏览了文档，但我仍然不确定“未分配表”的用途。如何在“未分配的表”中将列指定为源、目标等？即使是Cytoscape手册中显示的示例表也做了同样的操作(！)。

顺便说一下，我不确定为什么Cytoscape的文档不直观。例如，我在谷歌上搜索“cytoscape import table”，这个幻灯片显示为第一个结果：https://cytoscape.org/cytoscape-tutorials/protocols/importing-data-from-tables/#/5。从幻灯片的标题，即“从表导入数据”，我假设它将指导我如何从表格数据生成网络。但是，它显示了如何加载节点的数据，这不会创建网络(！)。为什么不演示如何加载边缘/网络数据，并指导我们完成整个过程，直到网络的生成？我希望这会在CytoScape的下一个版本中得到改善。

无论如何，我希望这个解决方案能有所帮助。