使用Bioconductor安装侦察，路径不可写时出错？

Question

我在将侦探安装到R studio时遇到了问题。我已经尝试了使用股票溢出中的建议方法进行故障排除，标题为"installation path not writable R，unable to update packages“(链接：installation path not writable R, unable to update packages)。我一直收到以下错误。

错误消息：

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, class, foreign, KernSmooth, lattice,
  MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet
Old packages: 'isoband', 'purrr', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'reshape2', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]: 
BiocManager::install("devtools")    # only if devtools not yet installed
Update all/some/none? [a/s/n]: 
BiocManager::install("pachterlab/sleuth")
Update all/some/none? [a/s/n]:

当我输入以下代码时：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
BiocManager::install("devtools")    # only if devtools not yet installed
BiocManager::install("pachterlab/sleuth")

谢谢你的帮助!

Answer 1

This answer可能会有所帮助。

它看起来像是违规的包(boot、class、foreign等)安装在您没有写入权限的位置。

原则上，尽管出现错误消息，但应该已经安装了sleuth包(您可以通过在R控制台中运行library(sleuth)来检查这一点)。但是，为了避免每次尝试安装(BioConductor)包时都出现这些错误，我建议在您有写入权限的目录中重新安装那些有问题的包。根据操作系统的不同，它可能位于不同的位置。

我发现this guide对于维护R包特别有用。

简而言之(所有命令都在R中运行)：

1. 使用remove.packages()删除错误消息中提到的软件包，如果安装了sleuth，也将其删除，我们稍后将以更易于维护的方式重新安装它
2. in R，检查Sys.getenv("R_LIBS_USER")的输出，这通常应该是您的主目录下的目录路径可能R_LIBS_USER目录尚不存在，使用Session R创建它(在RStudio中，您可以执行Session→Restart R<代码>H222<代码>H123检查<代码>D24的输出，第一个元素现在应该是你刚刚创建的目录(也就是和Sys.getenv("R_LIBS_USER")一样)，这是默认的目录，R包将被installed
3. Install BiocManager::install("pachterlab/sleuth")，这通常也会安装所有的依赖项。如果没有，您可能需要单独安装它们。

希望这能有所帮助！