如何从奇点镜像构建docker镜像

Question

我目前正在研究奇点和docker。我正在为MPI环境运行奇点。

我想为MPI使用奇点的优点，但是奇点文件非常大。因此，在运行奇点图像后，我想将其转换为docker图像，然后保存它，这将节省磁盘空间。

这有可能将奇点图像转换为docker图像吗？

Answer 1

使用Singularity将MPI应用程序容器化并不是非常困难，但这是以主机系统的额外需求为代价的。

这意味着您必须为此自定义图像选择正确的图像基础。类似于this example：

FROM tacc/tacc-ubuntu18-mvapich2.3-psm2:0.0.2

RUN apt-get update && apt-get upgrade -y && apt-get install -y python3-pip
RUN pip3 install mpi4py

COPY pi-mpi.py /code/pi-mpi.py
RUN chmod +x /code/pi-mpi.py

ENV PATH "/code:$PATH"

Answer 2

一般来说，它是在另一个方向上完成的:基于Docker构建奇点映像。如果您计划将其存储为docker映像而不是奇点，则最好的方法是将其构建为Docker并根据需要转换为奇点。我知道有几个实验室使用这种方法:通过Dockerfile构建，推送到Docker hub进行存储，直接从docker hub镜像构建奇点镜像。

然而，奇点图像通常比docker图像小。在另一个答案中提到的基本docker镜像tacc/tacc-ubuntu18-mvapich2.3-psm2:0.0.2是497MB，但奇点镜像只有160MB。ubuntu:latest为64.2MB vs 25MB，python:latest为933MB vs 303MB。

Answer 3

正如@tsnowlan在他们的回答中所说的那样，典型的工作流程是从Docker到Singularity。但是有一种方法可以从现有的奇点镜像中创建Docker镜像。这将不会使用Docker的层缓存功能。

一般的想法是：

1. 将奇点映像文件系统转储为压缩文件。
2. 将该压缩文件解压到从scratch继承的Docker文件中，复制奇点映像的文件系统，并设置环境变量和其他内容。
3. 构建Docker映像。

这是bash中的代码，在alpine:latest上演示

singularity pull docker://alpine:latest
# Find out which SIF ID to use (look for Squashfs)
singularity sif list alpine_latest.sif
# Get the environment variables defined in the Singularity image.
singularity sif dump 2 alpine_latest.sif
singularity sif dump 3 alpine_latest.sif > data.squash
unsquashfs -dest data data.squash
# See the Dockerfile definition below
docker build --tag alpine:latest .

Dockerfile的内容：

FROM scratch
COPY data /
ENV PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
CMD ["/bin/ash"]

有关奇点和Docker的更多信息，我建议查看Singularity's documentation on the topic。